Девочка Лира Белаква живёт в мире, где переплетены магия, теология и наука. У неё, как и у всех людей её мира, есть деймон — часть её души, представленная формой животного. Лира живёт в Оксфорде, в Иордан-колледже, и вместе со своим деймоном Пантелеймоном и другими детьми с утра до ночи пропадает на улочках Оксфорда. Лира сирота, её опекуном является полярный исследователь и её дядя лорд Азриэл. Однажды появляются слухи о Жрецах, тайной организации, которая похищает детей. Пропадает и лучший друг Лиры — Роджер. Поиски друга заводят девочку далеко на Север.
Сначала она попадает под власть некой миссис Колтер, красивой, властной и жестокой женщины. Лире удаётся бежать с помощью табора цыган, которые едут на Север, чтобы освободить похищенных детей. По дороге она знакомится с ведьмой Серафиной Пеккала, бронированным медведем Йореком Бирнисоном и аэронавтом Ли Скорсби. С помощью новых друзей и алетиометра (прибора, который говорит правду) Лира узнаёт тайну Жрецов. Жрецы разрывают детей и деймонов с высвобождением огромных количеств энергии. Она находит Роджера и освобождает других детей.
В это время лорд Азриэл, закончив свои исследования на Севере, находит способ передвигаться между параллельными мирами. Для этого ему нужна энергия, высвобождающаяся при разрыве связи между деймоном и человеком. Лира и Роджер случайно оказываются рядом и лорд Азриэл использует Роджера, чтобы открыть окно в параллельный мир. Азриэл уходит в другой мир. Лира следует за ним. В другом мире она знакомится с мальчиком Уиллом Парри. В борьбе Уилл Парри добывает чудесный нож, которым можно прорезать окна между мирами.
Лира и Уилл узнают, что лорд Азриэл хочет свергнуть Властителя — первого ангела, который после создания мира объявил себя его (мира) создателем. Для победы ему нужны два человека: Лира, которая должна стать новой Евой, и Уилл, владелец чудесного ножа. Лира и Уилл вместе переживают много приключений.
Мир в трилогии состоит из бесконечного количества параллельных миров. Благодаря магии можно попасть из одного мира в другой. Действия романов происходят, в основном, в четырёх мирах, которые можно условно назвать «мир Лиры», «мир Уилла», «мир Читтагацце» и «мир мулефа».
Мир Лиры - В этом мире у людей есть деймоны — существа, составляющие неотъемлемую их часть. Там, кроме людей, живут ведьмы и разумные бронированные медведи. Там родилась и жила главная героиня Лира Белаква.
Мир Уилла - Наш или очень похожий на него мир. Там родился Уилл Парри. Деймоны невидимы, но существуют.
Мир Читтагацце - Мир, где все взрослые люди подвергаются нападениям призраков, но дети могут спокойно существовать. Читтагацце — название одного из городов.
Мир мулефа - Мир колёсных животных, называющих себя «мулефа». Колёса, которыми они пользуются, представляют собой семенные коробки деревьев, они очень крепкие и сами по себе произрастают очень редко. Однако, пока ими пользуются мулефа, семенные коробки постепенно изнашиваются и раскалываются. Мулефа заботятся о деревьях, поскольку без колёс передвигаются довольно неуклюже и медленно.