Тыловая служба контрразведчика не была лёгкой, порою приходилось наматывать буквально сотни километров по дорогам и тропам меж разбросанных береговых батарей и прочих «объектов» охраны. Случались не раз и опасные моменты. В марте 1944 года Крыгин едва не погиб, провалившись под лёд в заливе Владимира (примерно 300 км к северо-востоку от столицы Приморья). Михаил сумел выбраться и бежал много километров, чтобы не замёрзнуть насмерть. В том же году контрразведчик, рискуя жизнью, сумел обезвредить группу из трёх вооружённых дезертиров, скрывавшихся в приморской тайге.
Канун войны с Японией лейтенант Крыгин встретил на острове Русском – служба на знаменитой Ворошиловской батарее стала повышением для проявившего себя контрразведчика.
Словом, на том момент Крыгин и его напарник Николай Сёмин являлись хорошо подготовленными офицерами, но реального боевого опыта всё же не имели. Расчёт в рискованной операции по захвату японского резидента строился на опыте морских пехотинцев, переброшенных в Приморье летом 1945 года с Балтийского и Северного флотов – авангардом десанта на Сейсин стал отдельный разведотряд под командованием Героя Советского Союза, старшего лейтенанта Виктора Леонова.
Леонов и его бойцы ранее прошли всю Великую Отечественную войну, с лета 1941 года не раз участвовали в смертельно опасных десантах и схватках с гитлеровскими войсками на побережье Кольского полуострова и в фиордах Норвегии. Сегодня их бы назвали морским спецназом. Их уровень подготовки и боевой опыт был выше, чем у любых японских солдат, которые могли встретиться десанту на территории Кореи.
В помощь контрразведчикам и отряду Леонова придавалась рота автоматчиков из 13-й бригады морской пехоты Тихоокеанского флота. Как и контрразведчики Сёмин с Крыгиным, бойцы-тихоокеанцы были подготовлены хорошо, но реального боевого опыта тоже не имели, за исключением их командира, старшего лейтенанта Ивана Яроцкого, семью годами ранее дравшегося с японцами в боях у озера Хасан.
Задуманная операция была крайне дерзкой и рискованной. Но в противоборстве спецслужб – как и на войне – успеха без риска не бывает. Ночь на 13 августа Николай Сёмин и Михаил Крыгин провели в штабе Тихоокеанского флота, утром прибыли на торпедные катера, отправлявшиеся к берегам Кореи. Михаил захватил с собой фотоаппарат, на случай если потребуется снять японские объекты или документы – в итоге бойцы десанта поначалу приняли контрразведчика за военного корреспондента.
Уже на берегу решили, что Сёмин и Крыгин пойдут на разных катерах – десант мог пасть под губительный огонь японских береговых батарей, мог налететь на морские мины, и таким образом повышался шанс, что кто-то из контрразведчиков всё же прорвётся на враждебный берег. Николай Сёмин позднее вспоминал те последние минуты пред началом смертельно рискованной операции: «
После секундных колебаний, капитан Сёмин всё же отказался от благородного предложения своего товарища. Катера покинули русский берег и через шесть часов полного хода под дождём и туманом вышли к японскому порту на корейском побережье. Так около часа дня 13 августа 1945 года началась операция по захвату Сейсина – крупнейшая боевая десантная операция, которую когда-либо проводил наш Тихоокеанский флот за всё время существования с XIX-го по XXI век.
Под прикрытием тумана и дымовой завесы катера ворвались в гавань, сходу подойдя к причалам. Противник не ожидал такой дерзости, его береговые батареи едва успели открыть огонь, высадившиеся на берег моряки за считанные минуты оказались прямо в центре города, на его оживлённых улицах, никак не ожидавших атаки. Командир спецназовцев Леонов позднее вспоминал те секунды: «Клубится пар от невидимого за домами паровоза, мчатся по шоссе автомобили…»
Не повезло лишь последнему катеру, на котором находился Михаил Крыгин – в дыму и тумане контрразведчик и два десятка морских пехотинцев спутали мол гавани с причалом. Высадившись на моле, они оказались отрезаны от основных сил передового десанта. Пробиваться к своим пришлось уже под огнём противника.
Японцы совершенно не ждали столь дерзкого десанта, но и наши бойцы не предполагали встретить в Сейсине так много войск противника. Двум сотням десантников пришлось столкнуться с несколькими тысячами. Прямо в центре города развернулись скоротечные и хаотичные схватки.
Положение высадившегося авангарда осложнялось и тем, что из-за дождей с туманами наша авиация в ближайшие сутки не могла атаковать японцев. По опыту лишь вчера отгремевшей Великой Отечественной войны бойцы десанта понимали, что противостоять почти в 20 раз превосходящему по численности врагу можно лишь за счёт стремительности и дерзости действий, постоянно перемещаясь, захватывая удобные рубежи, решительно атакуя всё ещё растерянного противника.
Для выживших всё дальнейшее слилось в почти непрерывный двухсуточный бой. Позднее дважды Герой Советского Союза, прошедший годы боёв с немцами спецназовец Виктор Леонов назвал схватку за Сейсин «одним из наиболее ожесточённых сражений в истории моего отряда».
Вечером 13 августа рядом с Михаилом Крыгиным погиб сержант Герасим Ушаков, командир отделения автоматчиков морской пехоты, приданного для содействия контрразведчику. Михаилу пришлось возглавить свой маленький отряд в ожесточённых схватках на городских улицах. Описания тех схваток не сохранилось, да и вряд ли выжившие могли подробно рассказать обо всех перипетиях хаоса многочасовых боёв. Позднее в документах появится краткая и лаконичная запись о действиях контрразведчика Крыгина в Сейсине:
В ночь на 14 августа 1945 года Михаил Крыгин сделал последний выбор в жизни. Во многом то был выбор между приказом и долгом. Благодаря приказу контрразведчик мог выжить, уйти с рубежа схватки, ссылаясь на обязанность захватить японского резидента. Но Михаил остался прикрывать отход своей поредевшей в боях группы автоматчиков. В последние часы пред рассветом 27-летний лейтенант погиб, до последнего отстреливаясь от наседающих японцев близ железнодорожной станции в центре Сейсина.