По смерти Илии, последовавшей в 1105 году, преемником его по управлению храмом святителя Николая был Евстафий, украсивший церковь мрамором и мозаикой.
По смерти его избран был на его место приор монастыря Всех Святых Melo, и с этого времени настоятели храма святителя Николая Чудотворца именуются приорами.
Папа Урбан II, почти вслед за положением в церкви мощей святителя Николая, изъял ее из зависимости от местной епархиальной власти и подчинил ее непосредственно папскому престолу, что подтверждено было и папой Пасхалием II.
Мало церквей на Западе, которые бы пользовались таким великим и всеобщим уважением, как церковь святителя Николая Чудотворца в Бари.
Благочестивые богомольцы не перестают и доселе в большом количестве стекаться на поклонение святым мощам.
И наши русские паломники, посещавшие святые места Востока, считали своим долгом посетить и западный город Бари ради его великой святыни и нередко оставляли ценные воспоминания о том, что они видели там.
Одним из лучших описаний церкви, в которой почивают мощи святителя Николая, мы обязаны русскому путешественнику, писателю, публицисту и паломнику Василию Григоровичу-Барскому, побывавшему в ней в 1724 году.
«В воскресенье, 28 июля 1724 года, — пишет Василий Григорович-Барский, — поздно вечером прибыл я в Бар-град.
В тот же день утром прибыл туда и спутник мой Иустин. Вместе пошли мы в гостиницу святителя Христова Николая, находящуюся при церкви, в которой почивают его мощи: в этой гостинице всякому чужеземному страннику в течение трех дней дается бесплатно обед, ужин и постель.
Сошлось нас тогда в эту гостиницу человек 10 или 12, и, когда осмотрели наши виды (патенты), дали нам обильную трапезу и достаточно вина.
По окончании же трапезы заведующий гостиницей отвел каждому из нас по постели, на которых мы и спали до утра.
На другой день, в понедельник, пошли мы в церковь, в которой почивают святые мощи чудотворца Христова Николая.
Сначала, как только вошли мы в нее, не могли заметить, где находятся мощи. Но потом, увидев большую толпу народа, которая то сходила вниз по каменным ступенькам, то поднималась по ним, мы поняли, что мощи находятся внизу, и тотчас пошли вслед за толпою под спуд церкви правым входом (входов же два: один — по правую, и другой — по левую сторону).
Когда спустились мы вниз, то нашли там другую красивую церковь, по величине — около половины верхней.
Ее верх поддерживается двадцатью шестью столбами, которые все одинаковы, за исключением одного — тоньше других и окруженного железною решеткою.
Престолов в ней два: главный и придельный, на них священники каждый день — от утра до полудня — совершают литургию.
Престол главный весьма искусно выкован из серебра и находится посреди церкви над гробом святителя Христова Николая.
Пол нижней церкви устлан мраморными плитами, потолок же ее весь украшен многочисленными серебряными лампадами: из них особенно выделяются по величине и красоте пятьдесят.
Помолившись по обычаю путническому, мы приложились к гробу Святого, так как римляне не имеют обыкновения отверзать гроб, за исключением весьма важных случаев.
Престол, под которым находится гроб с мощами Святителя, — большой, спереди огражден балясами, искусно иссеченными из мрамора.