Но не все оказалось так просто: большинство одобрило их обещание, однако нашлись и такие, кто хотел, чтобы святитель Николай был погребен в городском соборе.
Настоятель бенедиктинского монастыря, по имени Илия, уговорил мореплавателей перенести тело угодника в церковь его обители, пока будет строиться новая.
Путешественники согласились на это, так как настоятель Илия слыл за человека благочестивого. Вокруг обители стали моряки с оружием в руках, страшась мести оставшихся недовольными тем, что соборное духовенство не успело опередить настоятеля Илию.
Вскоре в город прибыл барский архиепископ Урсон, который первым делом поклонился мощам святого, а затем потребовал перенести их в собор.
О строительстве нового храма он не хотел даже слышать. В результате между двумя партиями произошло вооруженное столкновение, в котором погибло четыре человека.
В это время некоторые из моряков вспомнили, что двор Катапани, принадлежавший герцогу Рожеру, пользовался правами патронатства.
Они вынесли из монастыря мощи угодника и поставили их в церковь святого мученика Евстахия, стоявшую в округе Катапанских чертогов и зависевшую от гражданской власти.
На этом споры закончились.
Архиепископ разрешил строить новый храм и без обуви торжественно направился в сопровождении всего соборного духовенства и огромной толпы народа к церкви мученика Евстахия поклониться мощам великого угодника.
Не прошло и нескольких дней после перевоза мощей в Бари, как по всему городу стали ходить рассказы о чудесных исцелениях всех тех, кто успел приложиться к ним.
Если верить рассказу очевидца тех событий западному историку Никифору, в первую ночь по прибытии мощей и на следующий день исцелилось сорок семь человек различного пола и возраста.
В числе их были знатнейший горожанин, армянин с высохшим левым боком, три лунатика, глухонемой, двое сухоруких, два горбатых младенца, трое слепых и много других.
Потом исцеления происходили каждый день.
Была среди исцелившихся и женщина из города святого Вита, страдавшая тяжелейшими припадками.
«Будучи тщательно расспрошена мной, — пишет Никифор, — она сказала, что на нее налетел один большой ястреб, сел на грудь ее и, распростерши крылья, накрыл ее.
Когда он отлетал, вдруг разнесся такой приятный запах, что она думала, что находится в раю. То же самое показали и другие исцелившиеся.
Отсюда несомненно надобно верить, что это был Ангел святого Исповедника, ежедневно стерегущий тело».
Также исцелилась одна девица из Бара, страдавшая чрезмерной болью в коленях, и многие другие.
Такое обилие чудес от мощей святителя Николая и данное ранее обещание моряками расположили барян построить новую каменную церковь в честь святителя Николая.
Начались работы по перестройке здания Корте дель Катапо, которое герцог Рожер пожертвовал для того перестройки в храм святителя Николая.