Долгое время преподобный не хотел, несмотря на настояние братии, принять ни иерейского, ни игуменского сана; наконец он сдался на просьбы братии и был рукоположен в священноиноки епископом Афанасием и сделался игуменом маленькой обители.
Влияние его на других монахов сказывалось главным образом в примере, который он являл своею жизнью.
Он своими руками построил несколько келий, сам рубил дрова в лесу и приносил в обитель, молол рожь на ручных жерновах, пек хлебы, варил пищу, даже шил одежду и обувь. Смирение и трудолюбие его простиралось до того, что он сам носил воду с подножия горы на верх ее и у каждой кельи ставил по ведру. Он же делал свечи, варил кутью, пек просфоры.
Имея столь разнообразные дела, он успевал, однако, ежедневно служить обедню и приходил на все другие службы.
Сделавшись игуменом, святой Сергий ввел некоторые правила монастырского обихода.
Например, сделалось обычаем, чтобы после повечерия иноки не ходили из кельи в келью для бесед друг с другом, но каждый оставался бы в своей, отдаваясь молитве или занимаясь работой.
За соблюдением этого правила он следил сам.
В долгие осенние вечера или глубокой ночью он обходил обитель и иногда заходил в кельи. Застав инока за работой или молитвой, хвалил его. Если же случалось встретить беседующих, он старался объяснить им, почему необходимо подчиниться общему уставу и какой грех они делают, нарушая уставы.
В большинстве случаев он не входил в келью, а только, услышав говор, стучал в дверь своим посохом, давая знак прекратить беседу, и уже наутро увещал, а на отрицающих свою вину налагал эпитимию.
Другое правило, которое преподобный ввел в монастырский уклад, было то, что братии, какова бы ни была недостача или нужда в пище, не дозволялось ходить просить ее по окрестным деревням.
— Должно просить и ждать милости токмо от Бога, — говорил он.
При этом надо заметить, что окрестные поселяне могли только с большим трудом достигать обители, потому что к ней в продолжение пятнадцати лет не было доступа через лесные дебри, исключая узкой, едва проходимой тропы.
Случалось так, что недоставало вина для совершения литургии, воска для свеч и ладана. Тогда зажигали лучину и при ее трепетном свете совершали утреннюю или всенощную службу.
Чтобы судить о смирении подвижника, достаточно сказать следующее.
Однажды в монастыре явился недостаток хлеба и соли, а у святого Сергия уже давно ничего не было и трое суток преподобный буквально ни крошки не имел во рту. На четвертые сутки, на рассвете, пришел он к одному из братии, некоему Даниилу, и сказал:
— Слышал я, что ты хочешь пристроить двери к своей келийке. Так я поставлю тебе их, чтобы не сидеть без дела. А за работу дорого не возьму: у тебя есть хлеб гнилой, так ты его мне и отдай.
У Даниила, действительно, было несколько кусков хлеба, которые он отложил за гнилостью.
Он вынес их, но преподобный не взял:
— Ты побереги хлеб до девятого часа: я платы не могу взять, пока работы не кончу.
После этого он принялся за работу, к вечеру окончил ее и тогда взял условленную плату.