30 марта было принято постановление Верховного Совета «О государственном статусе Эстонии», по которому государственная власть СССР в Эстонии признавалась незаконной с момента установления. Было провозглашено начало восстановления Эстонской Республики.
Верховный Совет СССР, естественно, возражал, но эстонские власти продолжили курс на достижение независимости.
8 мая 1990 года Верховный Совет Эстонской ССР принял закон о восстановлении действия Конституции независимой Эстонской Республики 1938 года.
12 января 1991 года Председатель Верховного Совета РСФСР Б. Н. Ельцин совершил визит в Таллин, в ходе которого подписал с Председателем Верховного Совета Эстонской Республики Арнольдом Рюйтелем договор об основах межгосударственных отношений РСФСР с Эстонской Республикой. Этим договором обе стороны, по сути, признали независимость друг друга.
3 марта состоялся референдум по вопросу независимости Эстонии, в котором приняли участие проживавшие в стране до советской аннексии и их потомки, а также лица, получившие так называемые «зеленые карточки». Условием получения таких карточек было устное заявление о поддержке независимости Эстонии. Всего было выдано около 25 000 карточек (их обладателям впоследствии было предоставлено гражданство Эстонской Республики).
Людям был задан вопрос: «Вы за восстановление независимости и национального суверенитета Эстонской Республики?» И на него положительно ответило 78,4 % проголосовавших (при явке в 82,9 % избирателей).
Эстония бойкотировала состоявшийся 17 марта Всесоюзный референдум о сохранении Союза ССР, но в северо-восточных районах, населенных преимущественно русскими, местные власти организовали голосование.
20 августа 1991 года, на следующий день после попытки государственного переворота в Москве, Верховный Совет Эстонии принял постановление о подтверждении независимости республики. Но до этого, 19 августа, ГКЧП направил в направлении Таллина войска, а на аэродром в Таллине прибыли 50 десантников. Эстонцы начали сооружать в своей столице баррикады.
Утром 21 августа советские десантники атаковали и захватили несколько этажей Таллинской телебашни, но после провала ГКЧП освободили объект.
Когда Верховный Совет Эстонии принял постановление «О государственной независимости Эстонии», это мотивировалось тем, что «состоявшийся в Союзе ССР государственный переворот ставит под серьезную угрозу происходящие в Эстонии демократические процессы и сделал невозможным восстановление государственной независимости Эстонской Республики путем двусторонних переговоров с Союзом ССР». В действительности же, никакого государственного переворота в СССР так и не произошло, то была лишь робкая неудачная попытка переворота.
Если бы проект «ГКЧП» состоялся, ни о какой эстонской независимости речь не могла бы идти в принципе <…> Аляповатым мифом о «борьбе» за восстановление независимости Эстонии сегодня пытаются прикрыть тот факт, что оная просто свалилась тогдашнему эстонскому руководству в руки в результате «великой замятни» в Москве между президентом РСФСР Борисом Ельциным и горе-руководителем СССР Михаилом Горбачевым.
22 августа Исландия стала первой зарубежной страной, признавшей независимость Эстонии. Вскоре за Исландией последовали другие государства мира.
23 августа в Таллине была сброшена с постамента статуя Ленина, стоявшая перед зданием Центрального комитета Коммунистической партии Эстонии. Кто-то назвал это «победой цивилизации» и «прощанием с империей», а кто-то – вандализмом.
6 сентября Государственный Совет СССР официально признал независимость Эстонии. Согласно официальной позиции Эстонии, 20 августа 1991 года была восстановлена независимость Эстонской Республики, провозглашенной 24 февраля 1918 года.
С точки зрения международного и конституционного права, три страны Балтии существенно отличались от остальных частей Советского Союза: в 1991 году и ранее страны Балтии заявляли, что они были незаконно оккупированы и аннексированы Советским Союзом в 1940 году. Соответственно процесс обретения независимости для них был не созданием новых государств или выходом из состава Советского Союза, а восстановлением государств, которые уже были созданы в 1918 году.
17 сентября 1991 года Эстония стала полноправным членом ООН.
28 июня 1992 года на референдуме была принята четвертая по счету конституция Эстонии. Она декларировала преемственность по отношению к государству, присоединенному в 1940 году к СССР, подтвердила восстановление Эстонской Республики, а также возвращение к государственному строю, существовавшему до 1940 года.
Самая трезвая из балтийских республик по менталитету и экономике – это Эстония. Знаково, что премьер-министр страны Юри Ратас в этом году впервые поздравил русскоязычных жителей Эстонии с Новым Годом и Рождеством по-русски. Понадобилось двадцать шесть лет, чтобы сообразить и принять, что на территории страны живут и платят налоги люди другой национальности… В Латвии и Литве ситуация гораздо более трагическая с точки зрения депопуляции, которая там произошла. Я думаю, что, если говорить о финале прибалтийского «кино», который мы смотрим все эти годы, мы увидим его именно в Вильнюсе или в Риге.
Последние части российской армии были выведены из страны 31 августа 1994 года.