Основной задачей Повстанческого секретариата явилась подготовка вооруженного восстания против иностранных захватчиков и их пособников. Подготовку к восстанию начали с широкой пропаганды самой его идеи. При этом А. С. Бубнов подчеркивал, что большевики должны нацеливать трудящихся не на общенациональное восстание против оккупантов, а на классовое выступление рабочих и крестьян против иноземных и «своих» поработителей.
Коммунисты понимали, что успех борьбы во многом зависит от единого и твердого партийного руководства. Многопартийность и разногласия среди руководителей повстанческой борьбы отрицательно сказывались на ее результатах. В апреле 1918 года для подготовки I съезда Коммунистической партии Украины было создано организационное бюро. В него вошли: А. С Бубнов, Я. Б. Гамарник, В. П. Затонский, С. В. Косиор, Н. А. Скрынник и др. Съезд решили проводить в Москве. Перед его началом руководителей повстанческого движения на Украине принял В. И. Ленин. Беседа с вождем пролетарской революции по-новому осветила для А. С. Бубнова многие вопросы, связанные с организацией компартии Украины и подготовкой вооруженного восстания.
Съезд признал первоочередной задачей подготовку восстания рабоче-крестьянских масс Украины для восстановления власти Советов. Вместо Повстанческого секретариата в связи с этим создавался Всеукраинский центральный военно-революционный комитет (ВЦВРК). Председателем ВЦВРК стал член ЦК КП(б) У А. С. Бубнов.
Свою работу новый руководящий орган начал с объединения всех военно-революционных комитетов Украины в единую систему и налаживания повседневного конкретного руководства растущим повстанческим движением.
С помощью В. Н. Боженко, Н. Г. Крапивянского и В. М. Примакова А. С. Бубнов сумел сформировать в «нейтральной зоне» Украины две дивизии и несколько отрядов регулярных войск. Этим формированием было заложено ядро будущей советской украинской армии.
Большое внимание уделялось забастовочной борьбе украинского пролетариата. В июле ВЦВРК взял под свой контроль забастовку железнодорожников Украины и Юга России. По предложению А. С. Бубнова для ее руководства была создана специальная комиссия при ЦК КП(б) У. Руководимая большевиками забастовка нанесла серьезный удар по планам немецких оккупантов. Она надолго задержала вывоз в Германию продовольствия и промышленного сырья, усилила рост политического сознания трудящихся Украины, оказала деморализующее воздействие на германскую армию. Весной 1919 года В. И. Ленин писал, что немецкие империалисты «хотели вывезти из Украины 60 миллионов пудов хлеба, а вывезли всего только 9 миллионов и в придачу вывезли такую штуку, какую им не переварить, — вывезли большевизм».
ВЦВРК продолжил работу Повстанческого секретариата по созданию военно-революционных комитетов, партизанских штабов, органов разведки и снабжения, по сплочению революционных сил.
Гнев трудящихся Украины против оккупантов нарастал стремительно и грозил стать неуправляемым. ВЦВРК, стремясь придать организованный характер борьбе трудящихся, попытался оттянуть стихийный взрыв. Но 4 августа произошли столкновения между черниговскими партизанами и немецкими войсками. По принятому ранее решению в случае стихийного выступления на Черниговщине партизанам предписывалось начинать восстание по всей Украине. Поэтому ЦК КП(б) У и ВЦВРК, узнав о черниговских событиях, издали приказ № 1 о повсеместном начале вооруженного восстания. На помощь черниговцам устремились отряды из «нейтральной зоны». А. С. Бубнов, как и другие руководящие работники, надеялся, что к восставшим примкнут широкие массы трудящихся. Но вскоре стало ясно — восстание не удастся. Оно не переросло во всеобщее выступление даже на Черниговщине. 7 августа приказ № 1 пришлось отменить.
II съезд КП(б) У, состоявшийся в октябре 1918 года, оценив в целом положительно деятельность ВЦВРК, отметил слабость нелегальной работы на оккупированной части Украины. В связи с этим на ее усиление направлялся целый ряд ответственных работников партии. А. С. Бубнова послали в Киев. В городе сосредоточились сильные партийные кадры. Возглавлял Киевский подпольный обком партии С. В. Косиор. Андрея Сергеевича назначили начальником областного повстанческого штаба, председателем Киевского подпольного исполкома, членом подпольного обкома партии, ввели в состав редакции нелегальной газеты «Киевский коммунист».
В Киеве властвовал гетман Скоропадский. Ненавистный народу гетманский режим держался на репрессиях и силе немецких войск. Но в ноябре 1918 года в Германии произошла революция, и штык иноземных захватчиков перестал быть опорой гетману.
По Украине катилась лавина выступлений против оккупантов и Скоропадского. На смену обанкротившемуся «гетману всея Украины» германские империалисты спешно направили Симона Петлюру, организовав под его руководством «восстание» сечевых стрельцов против гетманщины.
Большевики решили взять антигетмановское движение на Киевщине под свой контроль. 18 ноября А. С. Бубнов направил в ЦК КП(б) У записку по этому поводу. Он докладывал, что продвижение петлюровских войск к Киеву и растущее крестьянское восстание вокруг города прямо ставят перед коммунистами задачу создания своих вооруженных сил и подготовку восстания.
Партийная организация Киева перешла на военное положение. Для руководства военной работой был создан ревком, рабочим органом которого стал областной штаб во главе с А. С. Бубновым. Штаб назначил во все районы города и области военных комендантов, поручив им ведение как чисто военной, так и пропагандистской работы.
Деятельность киевского подполья особенно активизировалась при подходе к городу Красной Армии. 19 января 1919 года состоялась нелегальная большевистская конференция. По докладу А. С. Бубнова «Гетманщина, Директория и наша тактика» была принята резолюция, определившая основную линию большевиков при организации восстания.
…4 февраля киевлян разбудил орудийный гул. Слышались пулеметные очереди и винтовочная стрельба. Войска Директории и ее учреждения в суматохе покидали город. В ночь на 5 февраля власть в городе взял Исполнительный комитет Киевского Совета рабочих депутатов во главе с А. С. Бубновым. Во всех районах были подняты красные флаги, начали открытую работу ревкомы и Советы. Утром в здании городской думы состоялось заседание Исполкома. В принятом на нем обращении говорилось, что в городе восстановлена власть Советов.
Вечером Андрею Сергеевичу доложили о вступлении в Киев первых частей Красной Армии. Ими оказались прославленные Богучанский и Таращанский полки, в формировании которых А. С. Бубнов в свое время принял активное участие. Командующий Украинским фронтом В. А. Антонов-Овсеенко, телеграфируя В. И. Ленину о вступлении советских войск в Киев, подчеркнул, что власть в городе находится в руках Исполнительного комитета во главе с А. С. Бубновым.
После освобождения Киева Андрей Сергеевич некоторое время продолжает руководить Исполкомом Совета, а в конце февраля избирается председателем Киевского губернского военного комитета и членом Киевского губ-кома партии большевиков. В качестве наркома продовольствия он, кроме того, входил в новый состав правительства Украины.
Во всей многообразной деятельности А. С. Бубнова в 1919 году превалировала военно-политическая работа. В этот сложнейший военный период он является членом реввоенсовета Украинского фронта и 14-й армии, входит в Совет Обороны и Президиум Совета Обороны Украины, в состав Всеукрапнского ЦИК. Под его руководством было проведено большое количество заседаний реввоенсоветов фронта и 14-й армии. Доклады и выступления Андрея Сергеевича в высших государственных и военных органах республики отличались глубиной и объективностью оценки военно-политического положения, он всегда подчеркивал неразрывное единство целей трудящихся Украины и России.
А. С. Бубнов никогда не был кабинетным работником. Он часто выезжал на места боев, участвовал в разработке операций, руководил мобилизацией рабочих и коммунистов. Особую заботу проявлял он о пополнении коммунистами и политработниками так называемых ненадежных соединений. К их числу прежде всего относились 6-я дивизия под командованием Григорьева и бригада, возглавляемая Махно.
Бывший штабс-капитан Григорьев после свержения царизма служил буржуазной Центральной раде, затем переметнулся к гетману Скоропадскому, потом перешел на сторону Советской власти, но, по сути, всегда оставался буржуазным националистом. Не меньшие опасения вызывал анархизм Нестора Махно, также в тот период провозглашавшего себя сторонником Советской власти. Только исключительно трудное положение Красной Армии заставляло терпеть Григорьева и Махно в качестве союзников. «С войсками Махно, — требовал В. И. Ленин, — временно, пока не взят Ростов, надо быть дипломатичным…»