Усилившееся наступление деникинских войск создало очень тяжелую обстановку на Украине. По предложению А. С. Бубнова Политбюро ЦК КП(б) У принимает решение: «…мобилизовать и снять во всех партийных и советских учреждениях до 50 процентов коммунистов и… нужное количество некоммунистов, пригодных для армии как специалисты». Во исполнение этого решения А. С. Бубнов проводит мобилизацию коммунистов аппарата Наркомвоенмора Украины. Он лично отбирает для 14-й армии 70 опытных политработников, распределяет их по соединениям и частям.
Центральный Комитет РКП(б) неослабно следил за происходящими на Украине событиями. 28 мая В. И. Ленин в телеграмме Совнаркому Украины потребовал: «Сосредоточить все силы на Донбассе… послать Пятакова, Бубнова в Харьков, Екатеринослав для поголовнейшей, энергичнейшей мобилизации рабочих для Южфронта…»
29 мая В. И. Ленин напоминает Совету Обороны Украины о необходимости ускорить мобилизацию рабочих. Обращаясь к одному из членов Совета Обороны — A. А. Иоффе, Владимир Ильич пишет: «Прочтите эту телеграмму Раковскому, Межлауку, Ворошилову, Пятакову, Бубнову, Квирингу и другим виднейшим работникам».
B. И. Ленин указывал на личную ответственность каждого работника за положение дел и обязанность всех «работать революционно».
Выполняя ленинские указания, А. С. Бубнов с 1 по 4 июня проводит мобилизацию рабочих в Харькове, а с 4-го по 17-е — в Екатеринославе. О ходе мобилизации он регулярно докладывает В. И. Ленину. 5 июня В. И. Ленин телеграфировал А. С. Бубнову: «Благодарю за подробные вести и за энергию, но надо довести дело до конца. Не полагайтесь ни на кого и оставайтесь лично, пока не будут подвезены до места назначения вполне готовые части или пока не будут влиты в фронтовые части.
А. С. Бубнов последовательно и настойчиво проводил в жизнь ленинские установки. Мобилизация, проведенная под его руководством в Екатеринославе в июне 1919 года, дала Красной Армии более 9 тысяч бойцов и командиров.
В конце 1919 года Андрея Сергеевича отзывают в Москву. Закончилась его деятельность на Украине, где он внес существенный вклад в победу и упрочение Советской власти.
В 1920-м — начале 1921 года А. С. Бубнов возглавляет текстильную промышленность, входит в состав руководящих партийных органов Москвы, работает в комиссии по истории Октябрьской революции и Коммунистической партии (Истпарт).
В марте 1921 года А. С. Бубнов вновь в рядах вооруженных защитников Советской власти. По тающему льду Финского залива в передовых цепях наступающих войск он в числе трехсот делегатов X съезда РКП(б) штурмует мощные кронштадтские форты. Отмечая этот подвиг А. С. Бубнова высшей наградой — орденом Красного Знамени, Реввоенсовет Республики писал в своем приказе: «…участвуя в штурме фортов и Кронштадтской крепости, личной храбростью и примером вдохновлял красных бойцов, чем способствовал окончательному очищению Кронштадта от контрреволюционных банд».
В апреле 1921 года было принято решение о создании Северо-Кавказского военного округа. Образовывался он на базе Первой Конной армии. ЦК РКП(б) выделил в распоряжение РВС округа 15 ответственных работников и 500 коммунистов. Командующим войсками военного округа назначался К. Е. Ворошилов, а членом реввоенсовета А. С. Бубнов.
Условия работы на Северном Кавказе оказались более чем трудными: сложная политическая обстановка, бытовые неудобства. Недоставало продовольствия, одежды, обуви, жилых помещений. В условиях голода 1921 года на Северном Кавказе активизировался бандитизм. Местное казачество и богатое крестьянство зачастую оказывало помощь бандитам, пыталось влиять на войска создаваемого округа.
Коммунисты, политработники в этой сложной обстановке обращались к опыту гражданской войны, к указаниям В. И. Ленина о том, что «…где наиболее заботливо проводится политработа в войсках и работа комиссаров… там нет расхлябанности в армии, там лучше ее строй и ее дух, там больше побед».
«Роль комиссара в Первой Конной армии была громадной, — говорил позднее А. С. Бубнов. — Комиссар был прежде всего носителем духа нашей партии, ее дисциплины, ее твердости и мужества».
Повседневной задачей войск являлась борьба с бандитизмом. По неполным данным, на территории округа насчитывалось до 7 тысяч бандитов. При ликвидации бандитизма А. С. Бубнов решительно выступал против карательных операций.
— Расправы, — говорил он, — могут вызвать недовольство и злобу даже у лояльно настроенных казаков и горцев.
При выборе форм и способов борьбы с мятежниками он требовал учитывать их классовую неоднородность, веками складывавшиеся особенности быта местного населения, националистические пережитки и религиозные предрассудки.
— Даже среди бандитов, — подчеркивал член реввоенсовета, — есть заблуждающиеся и обманутые люди, которых следует отделять от действительных врагов Советской власти и нейтрализовывать.
Как член Юго-Восточного бюро ЦК РКП(б) и Донецкого обкома партии, представитель военного округа в Экономическом совете Юго-Востока России, А. С. Бубнов внес определенный вклад в борьбу с голодом, в ликвидацию холерной эпидемии, в решение многих народнохозяйственных и социальных вопросов данного региона.
В мае 1922 года А. С. Бубнов назначается на ответственную должность заведующего Агитационно-пропагандистским отделом Центрального Комитета РКП(б). Это назначение совпало с резким обострением идеологической борьбы внутри страны, вызванной условиями нэпа.
…В субботу с утра повалил мягкий густой снег, но затем поднялся злой ветер, и вскоре по всей Москве яростно заплясала и вызывающе завыла метель. Остановились трамваи. Дворники, бросив расчищать заносы, ибо дело это было безнадежное, разбрелись по домам. На службу Андрей Сергеевич пошел пешком. Он любил такую погоду. После нее всегда, как после боя, наступает ясность. Либо ты, либо тебя. Он верил в свои силы и испытывал почти удовольствие, ввергая себя в круговорот страстей и событий. Боялся он только за друзей и близких. Ведь именно сейчас, как никогда, осложнилась обстановка внутри партии. Ильич тяжело болен. Советское государство переживает большие экономические и политические трудности. Воспользовавшись этим, вновь подняли голову троцкисты. Считают: настало удобное время, чтобы изменить ленинский курс РКП(б), протащить в руководящие партийные, советские и военные органы своих людей. Красную Армию пытаются вывести из-под влияния партии, хотят перетянуть на свою сторону как можно больше авторитетных, зарекомендовавших себя истинными революционерами людей. Даже Владимир Александрович Антонов-Овсеенко запутался в их сетях… Нет, отсиживаться преступно, надо идти непогоде наперекор, не отдавать ей друзей, крепить ряды единомышленников.