В целях поддержания революционного порядка в городе, охраны фабрик и заводов была создана рабочая милиция, а после первых вооруженных столкновений с полицией и казаками были организованы и дружины. Руководил их действиями М. Фрунзе. Непосредственное участие в обучении и вооружении дружинников Иваново-Вознесенска и Кохмы принимал А. Бубнов. Он возглавил лабораторию, изготовлявшую ручные бомбы, и получил за это партийную кличку «Химик». Андрей не только готовил взрывчатую смесь, но и сам испытывал свою продукцию, учил дружинников метать бомбы и обращаться с огнестрельным оружием. Ему часто приходилось отправляться в соседние города и села, порой пешком за 20–30 верст, имея при себе опасный груз. Через А. Бубнова осуществлялась связь с Москвой и Петербургом.
Полицейские ищейки чувствовали, что приехавший на каникулы студент Андрей Бубнов не стоит в стороне от революционных событий. Полицмейстер Кожеловский прямо говорил Сергею Ефремовичу, что члену городской управы не мешает посмотреть, не завелась ли вновь крамола в собственном доме.
24 июля, на следующий день после прекращения стачки, Андрея арестовали. Но прямых улик и компрометирующих вещественных доказательств не было. Подержали двое суток и отпустили под поручительство отца.
Родитель встретил сурово:
— Или за порог ни ногой, или чтоб духу твоего в доме не было. Выбирай!
Андрей вспыхнул и хотел уйти сразу, все равно придется рано или поздно уходить. Но, пожалев заголосившую мать, остался. Однако ненадолго…
Вскоре большевики Иваново-Вознесенска избрали его членом городского комитета партии и выдвинули в состав бюро Иваново-Вознесенского окружного комитета РСДРП. К этому времени численность партийной организации города достигла 600 человек. Кроме того, около 200 членов партии насчитывали социал-демократические группы Шуи, Кохмы, Тейкова, Середы, Вичуги. «Социал-демократическая организация имеет невиданный авторитет», — сообщали В. И. Ленину из Иваново-Вознесенска.
Власти предпринимали отчаянные усилия, чтобы ослабить большевистское влияние в городе. Кроме арестов, полицейских гонений и казачьего произвола широко использовался черносотенный террор. Были убиты руководитель иваново-вознесенских большевиков Ф. А. Афанасьев и юная революционерка О. М. Генкина. По городу покатилась волна еврейских погромов. Попутно расправлялись со всеми «красными». Предпринималась попытка разгромить и дом члена городской управы С. Е. Бубнова.
…Поздно вечером 29 октября М. В. Фрунзе, А. С. Бубнов и рабочий П. И. Волков возвращались с партийного собрания. Неожиданно налетел казачий разъезд.
— Стой! Кто такие?
— Мы…
Выслушивать задержанных не входило в расчет казаков. Засвистели нагайки. Затем арестованным накинули на шеи веревки, привязанные к седлам, и хлестнули лошадей…
Окровавленных, полузадушенных, их притащили в ямскую арестантскую, где вновь подвергли зверскому истязанию: стегали нагайками, били кулаками и поленом, таскали за волосы, топтали ногами. На всю жизнь на их телах остались шрамы — память о той страшной осенней ночи.
Через две недели, не добившись признания, охранка вынуждена была их освободить. Выйдя на свободу, А. С. Бубнов и его соратники увидели, что разгул реакции нанес серьезный урон большевистской организации. Многие были арестованы, часть революционеров, скрываясь от преследований, покинула город. Надо было срочно восстанавливать деятельность партийной организации. Сохранившееся ядро городского комитета партии (А. С. Бубнов, М. В. Фрунзе, С. И. Балашов, Ф. Н. Самойлов, Н. Н. Колотилов), несмотря на трудности, сумело быстро сплотить партийные силы. Вновь были налажены и укреплены связи большевиков с рабочими массами.
Окончательно порвав с семьей, А. С. Бубнов переходит на нелегальное положение. Он не имеет постоянного места жительства, ночует у друзей, у товарищей по партии, у старых знакомых. Скрываясь от полиции, он часто меняет вид и одежду. Пытаясь изменить походку, начинает сутулиться, за что получает у шпиков кличку для наружного наблюдения «Гнутый». Оттачивая приемы конспирации, учится быстро уходить от слежки, избегать ненужной опасности, вводить в заблуждение полицию и жандармов.
…Вечером 2 марта 1906 года А. С. Бубнов назначил собрание пропагандистов. Надо было рассказать им об итогах Петербургской конференции РСДРП, состоявшейся И февраля. Конференция приняла решение об активном бойкоте Государственной думы. Пропагандисты должны были срочно разъяснить рабочим, что Дума — это уловка, попытка царизма сбить накал революции, залить пламя борьбы трудящихся демагогическими обещаниями.
Едва начали собрание — вбежал Егор Соловьев, охранявший дом со стороны улицы.
— Расходитесь! Полиция!
— Спокойнее, товарищи, — скомандовал Бубнов, — выходить по двое, а на улице расходиться в разные стороны.
Но уйти успели немногие. Арестовали почти всех. Однако прямых улик не оказалось. Постепенно всех освободили. А. С. Бубнова выпустили почти через месяц, 31 марта…И вновь водоворот событий.