Россияне назывались господами Ливонии, имели даже крепость на Двине, Кукенойс (ныне Кокенхузен), однако же, собирая дань с жителей, не препятствовали Альберту волею и неволею крестить идолопоклонников.
Первый магистр Ордена Винно фон Рорбах сначала жил в Риге, а затем его резиденцией стал Венденский замок. Он участвовал во множестве кампаний против прибалтийских язычников, литовцев и Новгородской республики. В 1207 году он дал распоряжение на строительство замка Зегевольд (ныне Сигулда).
В целом же сведения о его личности крайне скудны. Во всяком случае, Генрих Латвийский в своих хрониках не приводит о нем никаких биографических данных. Известно лишь, что Винно фон Рорбах отличался храбростью, а в 1209 году был убит в ссоре с одним из своих братьев-рыцарей по имени Вигберт. Возможно, это была месть или предательство со стороны рыцаря, которого могли подкупить знатные прибалтийские князья. Точная причина неизвестна.
Вторым (и последним) магистром Ордена меченосцев стал Фолквин фон Наумбург.
20 октября 1210 года епископ Альберт фон Буксгевден и магистр Фолквин фон Наумбург получили от папы Иннокентия III привилегию на раздел Ливонии и Семигалии, а также новое разрешение на отпущение грехов. Именно в этой булле произошло подлинное утверждение ордена папой. Согласно папской булле, раздел завоеванных территорий должен был происходить так: треть – епископу, две трети – ордену. Также Иннокентий дал ордену знак для ношения на плащах – меч острием вниз и крест.
В 1212 году существовал договор с полоцким князем, по которому ливы и леттгалы освобождались от податей в пользу князя. Между ним и Альбертом фон Буксгевденом был заключен наступательный и оборонительный союз против эстов, а также была установлена свободная торговля с русскими.
Надо сказать, что епископ Альберт и крестоносцы действовали не только кнутом, но и пряником <…> Крестоносцам удалось сделать своим «агентом влияния» <…> князя Владимира Мстиславовича. Князь даже выдал свою дочь за брата епископа Альберта. Это не понравилось псковичам, и в 1213 году они выгнали Владимира из города. Владимиру пришлось бежать к зятю в Ригу, где ему дали в управление несколько ливонских деревень.
Альберт фон Буксгевден даже породнился с псковским князем Владимиром Мстиславичем, женив своего брата на его дочери. Этот брак многие историки называют первым русско-немецким матримониальным альянсом, и он, кстати сказать, дал начало многочисленному роду остзейско-славянских Буксгевденов, верно служивших России.
В рядах Ордена меченосцев брат Теодорих принимал участие во многих крестовых походах против народов Ливонии, а в 1217 году он погиб в одном из сражений.
В том же 1217 году Орден совершил рейд в Новгородскую землю. В начале марта, после трехдневной осады, он сдал замок Одемпе (ныне Отепя) псковскому князю Владимиру, сыну Мстислава Ростиславича Храброго.
В 1219 году вместе с датскими войсками, пришедшими на помощь рыцарям Ордена, меченосцы основали на месте русского торгового поселения Колывань крепость Ревель (ныне Таллин). В том же году 16 000 новгородцев во главе с князем Всеволодом Мстиславичем в течение двух недель осаждали Венден, служивший одним из главных центров Ордена и резиденцией его магистров.
В 1221 году 12 000 новгородцев во главе с князем Всеволодом Юрьевичем совершили новый поход на Венден.
Новгородцы под началом князя Владимира Мстиславовича и его сына Ярослава дважды, в 1219 и 1222 годах, осаждали немецкую крепость Венден (Кесь) и один раз, в 1223 году, – Ревель. Но все три осады были неудачными, врага спасали мощные укрепления и метательные (камнеметные) машины. Русским удалось взять много добычи и пленных, но выгнать противника из Прибалтики они не смогли. Немцы, датчане и римские папы на восемь веков сделали Прибалтику очагом напряженности в северо-восточной Европе.
В 1223 году 20 000 новгородцев во главе с князем Ярославом Всеволодовичем совершили поход на Ревель. А 15 августа, после двухнедельного штурма, меченосцы взяли Феллин (ныне Вильянди), который на тот момент принадлежал новгородским правителям. По данным Генриха Латвийского, «оставшихся русских повесили перед замком на страх другим русским».
В 1224 году, после длительной осады, войсками Ордена была взята самая сильная русская крепость в Эстляндии – Юрьев (Дерпт, ныне Тарту). При обороне города погиб князь Вячко.
Князь Вячко (Vetseke) был князем в латгальском княжестве Кукейнос, вассалом князя Полоцкого, и он возглавлял сопротивление Ордену. В 1205 году он передал часть земель епископу Альберту фон Буксгевдену в обмен на обещание защиты. В 1207 году Вячко был захвачен и доставлен в цепях в Ригу, однако епископ позже освободил его.
Возможностей Полоцкого княжества не хватало для действенной помощи Вячко в его борьбе против крестоносцев, и в 1208 году Вячко сжег Кукейнос и ушел в русские земли, а территория его княжества была полностью захвачена епископом.
Лишь в 1216 году, по свидетельству Генриха Латвийского, началась великая война русских и эстов против меченосцев. Вячко вновь появился в источниках в 1223 году, когда новгородский князь Ярослав Всеволодович поставил его князем в городе Юрьев (ныне Тарту). Вячко проявил себя храбрым полководцем, отразил несколько нападений крестоносцев, однако в 1224 году погиб.