Послам, приехавшим во время Нарвского дела, и между которыми был брат магистра, отвечали, что магистру и епископам должно приехать лично и бить царю челом, и он тогда их помилует. Стало быть, требовалась полная покорность Ливонии.
Однако, получив подкрепление, Нарва снова «отказала в покорности». И тогда Иван IV Грозный решил добиться ее силой оружия.
Кстати, подавляющее большинство российских историков согласны в том, что царь Иван Васильевич был прав в своем решении прервать действия против крымских татар и серьезно взяться за Ливонию. Надежный доступ к Балтике был необходим русским как политически, так и экономически, а независимая и враждебная Ливония представляла собой препятствие развитию нормальных отношений между Россией и Западом.
Некоторые города сдавались без сопротивления. Там ставились русские воеводы и строились русские церкви. Сильное сопротивление оказал замок Нейгаузен, в течение шести недель оборонявшийся храбрым Георгом Икскулем, который сдался только тогда, когда его собственные измученные солдаты пригрозили его повесить. Ему позволили свободно выйти, а часть гарнизона перешла на сторону русских.
11 мая 1558 года Нарва была взята окончательно.
В тот день был предпринят штурм города, спровоцированный возникшим в Нарве сильным пожаром. Значительная часть гарнизона покинула укрепления для борьбы с огнем, и солдатам Ивана Грозного удалось проломить ворота и овладеть нижним городом. После этого русские открыли из захваченных орудий огонь по верхнему замку, и осажденные, видя свое безнадежное положение, сдались на условиях свободного выхода из города.
Было захвачено 230 больших и малых пушек и множество пищалей. Жители города принесли присягу на верность царю, а тот велел освятить город, построить в нем церкви и обещал свою милость всем жителям.
Нейгаузен еще не был взят, когда в Дерпте ливонские высшие чины провели между собой переговоры о том, у кого просить помощи. Результатом этих переговоров стало начало разложения Ливонии: Эстляндия и остров Эзель (ныне Сааремаа) обратились с просьбой о принятии их под защиту к королю Дании, архиепископ Рижский искал покровительства Польши, а магистр Ордена – Швеции. Соседние государства, конечно же, обещали свое посредничество, но это так ни к чему и не привело.
Между тем русские войска под начальством князя Петра Ивановича Шуйского подошли к Дерпту, где заперся епископ Герман Вейланд с наемным войском, а дворянство по большей части разбежалось. Русские начали осаду Дерпта 11 июля 1558 года.
Едва передовые разъезды войска Петра Шуйского появились около Дерпта, русский парламентер передал коменданту письмо с предложением сдаться. Когда на другой день Шуйский получил отрицательный ответ, он немедленно отдал приказ бомбардировать крепость и начать осадные работы. Бомбардировка поначалу не дала большого результата. В ночь на 13 июля против главных ворот была выстроена батарея, и пушки большого калибра начали еще более интенсивный обстрел. По свидетельству очевидцев, батарея поражала город ядрами «величиною в человеческую голову». Потом, пользуясь засухой, русские стали обстреливать город раскаленными ядрами. Малочисленный гарнизон и горожане совсем упали духом, и 18-го последовала капитуляция.
Взятие Дерпта, по словам историка К. Н. Бестужева-Рюмина, «лучшего и приятнейшего города в стране после Риги и Ревеля», распространило ужас по всей Ливонии. Города начали сдаваться один за другим, и к осени их было завоевано до двух десятков. Князь Шуйский обратился с требованием покорности к Ревелю, обещая, что в этом случае государь даст городу еще большие привилегии, чем те, которыми он пользовался прежде. Но Ревель не покорился.
Совершив блистательный поход, московские воеводы, по тогдашнему обычаю, в сентябре отправились в Москву, отвели войска на зимние квартиры в свои пределы, оставив в захваченных городах небольшие гарнизоны.
Пользуясь уходом главных сил противника, магистр Готхард Кеттлер, решив вернуть утраченное, собрал 10-тысячную армию, осадил Ринген (замок близ Дерпта) и взял его приступом.
В январе 1559 года большое московское войско (около 130 000 человек) под предводительством царевича Тохтамыша (кандидата на крымский трон) и князя Микулинского снова вступило в Ливонию, разбило ливонцев при Тирзене. Потом оно практически без сопротивления опустошило всю землю с одной стороны до моря, с другой – до границ прусских и литовских (немногочисленные орденские войска не могли вести успешную войну против русских).
Отчаявшись в помощи магистра, Ревель вступил в переговоры со шведским королем Эриком XIV, наследовавшим отцу своему Густаву Вазе. Эрик, отклонив просьбу магистра о помощи, обещал помочь Ревелю, если Ревель примет его покровительство. Снова Ревель обратился к магистру и получил от него самый неутешительный ответ: сам он спасти землю не надеется, а всю надежду возлагает на польского короля. Тогда Ревель окончательно поддался Швеции. В это время живее пошли переговоры магистра и архиепископа с Польшей, кончившиеся подчинением Польше, причем магистр Кеттлер получил в наследственное владение Курляндию (1561 год). Так окончательно разорвалась Ливония между Польшей, Швецией, Данией (Эзель остался за Магнусом), Россией и вассалом Польши – курляндским герцогом.
Посредничество короля Дании заставило Ивана Грозного дать Ливонии шестимесячное перемирие. Со своей стороны, Ливония возобновила переговоры с соседними державами, с Польшей и германским императором.