1839 – упразднение Комиссии духовных училищ и учреждение Духовно-учебного управления.
Принятие положения о Хозяйственном управлении при Св. Синоде.
Императорский указ Правительствующему Сенату о соединении отделений духовных дел православного и греко-униатского исповеданий с Канцелярией обер-прокурора Св. Синода.
Ликвидация унии в Западном крае Российской империи; присоединение к Православной Российской Церкви двух униатских епархий (Литовской и Белорусской), 32 униатских монастырей, 1200 униатских приходов и более 4000 лиц духовного звания.
Соединение Белорусской епархии с Полоцкой.
Преобразование бывшей Литовской греко-униатской семинарии в православную Литовскую духовную семинарию (Жировицы).
1840 – учреждение Острожского викариатства Волынской епархии и упразднение Тверского викариатства.
Учреждение Брестского викариатства в Литовской епархии.
Учреждение Варшавской и Новогеоргиевской епархии.
Учреждение Камчатской, Курильской и Алеутской епархии в Северной Америке.
Открытие Симбирской духовной семинарии.
Переименование бывшей Белорусской греко-униатской духовной семинарии в Полоцкую духовную семинарию.
1841 – учреждение Острогожского викариатства в Воронежской епархии.
1842 – учреждение Кавказской и Черноморской епархии (выделена из Астраханской); переименование Новочеркасской епархии в Донскую.
Открытие Казанской духовной академии.
Издание Устава духовных консисторий.
1843 – учреждение в г. Ковно второго викариатства Литовской епархии.
Учреждение училищ для дочерей лиц духовного звания.
1844 – восстановление архиерейской кафедры в Гурии (Грузинский Экзархат).
1845 – преобразование Новоархангельского духовного училища в духовную семинарию (Северная Америка, Новоархангельск).