Несмотря на полное разрушение церковной благотворительности в советское время, к 2008 году созданы и успешно действуют церковные приюты, клиники, службы помощи больным и бездомным, реабилитационные центры, школы и курсы сестер милосердия, благотворительные столовые, другие социальные учреждения. На протяжении 20 лет были канонизированы более 1700 святых.
После распада СССР и падения «железного занавеса» начала увеличиваться диаспора Московского Патриархата, к 2008 году в 51 стране мира действовало более 330 приходов и монастырей Московского Патриархата. Говоря о нерешенных задачах, митрополит Кирилл обратил внимание на преподавание основ православной культуры в школах, необходимость укреплять взаимодействие Церкви с научным и культурным сообществами. Характеризуя церковно-государственные отношения, Владыка призвал сочетать взаимное невмешательство в дела друг друга с широким партнерством Церкви и государства в различных общественно значимых областях. Митрополит дал характеристику межправославным и межхристианским контактам Русской Православной Церкви в период патриаршества Алексия II.
После доклада Местоблюстителя члены Собора приступили к обсуждению процедуры избрания Патриарха Московского и всея Руси. Устав Русской Церкви предусматривал возможность выдвижения Поместным Собором дополнительных кандидатов на Патриарший Престол. Однако по предложению митрополита Донецкого и Мариупольского Илариона (Шукало) Поместный Собор отказался от выдвижения дополнительных кандидатур. Предложение архиепископа Полоцкого и Глубокского Феодосия (Бильченко) об избрании Патриарха жребием было отклонено, Собор высказался за избрание Патриарха тайным голосованием.
На втором пленарном заседании выступил митрополит Киевский и всея Украины Владимир, который рассказал о современном состоянии церковной жизни на Украине и пожелал, чтобы жребий патриаршего служения выпал митрополиту Кириллу. Это заявление главы Украинской Православной Церкви в значительной степени предопределило позицию делегатов от Украины, которые составляли более четверти общего числа делегатов.
Митрополит Минский и Слуцкий Филарет заявил, что снимает свою кандидатуру в пользу Патриаршего Местоблюстителя. Глава Белорусского Экзархата подчеркнул, что Церковь должна консолидироваться вокруг единого кандидата.
Голосование на выборах Предстоятеля Русской Православной Церкви. 27 января 2009 г.
После этого делегатам Собора были розданы бюллетени, включавшие два имени — митрополита Кирилла и митрополита Климента. Голосование началось около 6 часов вечера. Лишь около 10 часов вечера председатель Счетной комиссии объявил результаты голосования. Согласно его докладу, в голосовании приняли участие 702 делегата Собора. Двое делегатов не опустили бюллетени в урны. Количество вынутых из урн бюллетеней — 700, из них действительных 677, недействительных — 23. По итогам голосования Местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Кирилл получил 508 голосов, управляющий делами Московской Патриархии митрополит Климент — 169 голосов. Участники Собора встретили известие об избрании митрополита Кирилла на Патриарший Престол аплодисментами.
Благодарственный молебен после избрания митрополита Кирилла на Патриарший Престол. 27 января 2009 г.
Сразу же после оглашения результатов голосования все участники Собора стоя пропели стихиру «Днесь благодать Святаго Духа нас собра, и вси, вземше Крест Твой, глаголем: благословен Грядый во имя Господне, осанна в вышних». Затем Блаженнейший митрополит Киевский Владимир задал избранному Патриарху традиционный вопрос: «Преосвященный Кирилл, Поместный Собор избрал тебя Патриархом Московским и всея Руси. Принимаешь ли ты это избрание?» Митрополит Кирилл ответил: «Избрание меня Поместным Собором Русской Православной Церкви приемлю и ничтоже вопреки глаголю». Сразу же после этого был совершен благодарственный молебен.
Приветствие митрополита Санкт— Петербургского Владимира новоизбранному Патриарху Кириллу. 27 января 2009 г.
По окончании молебна митрополит Санкт-Петербургский Владимир обратился к новоизбранному Патриарху со словами приветствия, а митрополит Минский Филарет огласил Грамоту Поместного Собора Русской Православной Церкви об избрании Патриарха Московского и всея Руси. В своем ответном слове избранный Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, в частности, сказал:
30 января избранный Патриарх совершил паломничество в Троице-Сергиеву лавру, где поклонился мощам преподобного Сергия Радонежского и совершил литию на могилах своих предшественников — Святейших Патриархов Алексия I и Пимена. После молебна в Успенском соборе Лавры избранный Патриарх обратился к молящимся со словом, в котором сказал:
Поблагодарив братию Троице-Сергиевой лавры за молитвенную поддержку, избранный Патриарх сказал:
Новоизбранный Патриарх Кирилл в Троице-Сергиевой лавре. 30 января 2009 г.
Новоизбранный Патриарх Кирилл совершает литию на могилах Святейших Патриархов Алексия I и Пимена. 30 января 2009 г.
Обращение новоизбранного Патриарха Кирилла к братии Троице— Сергиевой лавры. 30 января 2009 г.
31 января избранный Патриарх Кирилл посетил московский Донской монастырь, где совершил молебен у мощей святителя Тихона, Патриарха Всероссийского. В слове по окончании молебна избранный Патриарх сказал:
Новоизбранный Патриарх Кирилл совершает молебен у мощей свт. Тихона. Донской монастырь. 31 января 2009 г.
Избранный Патриарх Кирилл у мощей свт. Алексия. Елоховский собор. 31 января 2009 г.
В тот же день избранный Патриарх посетил Богоявленский собор в Елохове, где совершил молебен святителю Алексию, митрополиту Московскому, и заупокойную литию по Святейшим Патриархам Сергию и Алексию II.