Изгнанные насельники опубликовали в официальном печатном органе Русской Православной Церкви за границей газете «Православная Русь» «Открытое письмо изгнанной с Афона братии скита Св. пророка Илии ко всем верным, православным христианам, ко всем грекам и ко всем, кому дороги правда и справедливость»[720]. В той же газете были опубликованы несколько статей по поводу этих печальных событий[721]. Митрополит Оропосский и Филийский помог изгнанникам нанять адвокатов и передать дело на рассмотрение в Верховный суд Греции, 10 октября 1995 г. состоялись слушания, но в начале 1996 г. суд вынес решение против истцов[722]. Со своей стороны Архиерейский Синод РПЦЗ поручил заниматься судебным делом Свято-Ильинского скита архиепископу Берлинскому и Германскому Марку, но и он не смог добиться успеха[723]. В настоящее время Свято-Ильинский скит, заселенный греческими монахами (переименовавшими храм св. Митрофана Воронежского), принимает паломников для поклонения святыням и осмотра собора, но переночевать в нем можно только по благословению настоятеля.
Таким образом, на Афоне осталась одна большая русская обитель, которая смогла значительно вырасти и укрепиться. В начале 1990-х гг. в Свято-Пантелеимоновский монастырь приехали первые реставраторы из Санкт-Петербурга, которые в 1991 г. начали в обители первоочередные ремонтно-реставрационные работы: провели укрепление конструкций стен, сводов, кровель, штукатурного и красочного слоя на стенах, реставрацию настенной живописи, некоторых икон и консервацию деревянных конструкций ряда иконостасов[724]. В середине 1990-х гг. начался капительный ремонт ряда полуразрушенных и неиспользовавшихся многие годы сооружений Руссика. Для проведения реставрационных работ в Свято-Пантелеимоновский монастырь прибыла группа квалифицированных специалистов-реставраторов из Санкт-Петербурга, Киева и Владимира, были выделены значительные средства благотворителями России и Украины, а также греческим правительством.
Важным свидетельством укрепления связей обители с Россией стало постановление правительства Москвы от 6 августа 1991 г. о передаче в пользование в качестве московского подворья Свято-Пантелеимоновскому монастырю комплекса храма св. вмч. Никиты на Швивой горке за Яузой (ул. Гончарная, д. 6). Устроенное в 1992 г. Московское подворье стало местом, где проходили испытательный срок кандидаты на постоянное проживание в Свято-Пантелеимоновском монастыре[725].
В первой половине 1990-х гг. начала возрождаться церковная жизнь на Константинопольском подворье Руссика, были частично выселены турецкие арендаторы, проведен ремонт, в связи с чем появилась возможность принимать русских паломников. С назначения постоянного заведующего подворьем возобновились регулярные церковные службы. В 2012 г. в Киеве было устроено Афонское подворье при храме святителя Михаила, первого Митрополита Киевского и всея Руси (ул. Шелковичная, д. 39/1).
Одним из основных послушаний братии Московского, а затем и Киевского подворий стала организация паломнических групп на Афон. Еще в 1993 г. в Салониках и Уранополисе были открыты учреждения, где желающие могли получить разрешение на посещение Святой Горы, что значительно облегчило паломничество из России и других стран. При этом духовенству, в отличие от мирян, требовалось письменное ходатайство от Константинопольского Патриарха. С 1996 г. в Салониках начало действовать консульство Российской Федерации, взявшее под опеку святогорцев-соотечественников.
С конца 1990-х гг. Афон посетил целый ряд известных российских ученых, изучавших историю и духовное наследие Святой Горы. Среди них были академик Г. И. Вздорнов, члены-корреспонденты Российской академии наук Я. Н. Щапов, С. М. Каштанов, профессора Н. Н. Лисовой, Б. Л. Фонкич, М. В. Шкаровский, Г. Г. Литаврин, М. Г. Талалай, Ю. П. Супруненко, директор Центрального государственного архива Москвы В. В. Костыгов, главный специалист Главархива Москвы Д. В. Шмагин и многие другие[726]. Среди паломников были и известные деятели российской культуры: кинорежиссер и актер Никита Михалков, режиссер Константин Райкин, художники, писатели, в том числе В. Г. Распутин, С. Н. Дмитриев, В. Крупин, П. Рак, А. Холодюк и др.
Среди паломников было много видных российских политиков и бизнесменов: губернатор Санкт-Петербурга Г. С. Полтавченко, его заместители — вице-губернаторы В. Кичеджи и И. Дивинский (исполнительный директор «Русского Афонского общества»), губернатор Костромской области И. Слюняев, генеральный прокурор Российской Федерации Ю. Чайка, председатель попечительского совета фонда Андрея Первозванного, глава ОАО «Российские железные дороги» В. Якунин и др.
Особенно часто в 1990–2010-е гг. в Свято-Пантелеимоновский монастырь приезжали паломнические делегации Русской Православной Церкви. Так, например, в июле 1998 г. на празднике св. вмч. Пантелеймона в Руссике побывала официальная делегация Московского Патриархата во главе с архиепископом Челябинским и Златоустовским Иовом. В 2007 г. в Руссик приезжал митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, в дальнейшем посетивший Афон в сане Святейшего Патриарха Московского и всея Руси. В ноябре 2009 г. в составе группы паломников Санкт-Петербургской епархии на Афоне побывал бывший ректор Санкт-Петербургской православной духовной академии, заслуженный профессор протоиерей Владимир Сорокин, а в апреле 2014 г. — нынешний ректор Академии архиепископ Петергофский Амвросий (Ермаков). В 2000–2010-е гг. студенты Санкт-Петербургских духовных школ неоднократно приезжали в Руссик и своим трудом вносили вклад в благоустройство обители.
В октябре 2013 г. Свято-Пантелеимоновский монастырь посетил Святейший Патриарх Константинопольский Варфоломей. 14–16 февраля 2014 г. в монастыре и его скитах Ксилургу и Старом Руссике побывал председатель Отдела внешних церковных связей Московской Патриархии митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев).
К престольному празднику св. вмч. Пантелеймона 27 июля (9 августа) 2014 г. Священный Синод Русской Православной Церкви направил в Свято-Пантелеимоновский монастырь паломническую делегацию во главе с митрополитом Рязанским и Михайловским Вениамином. Кроме того, в предпраздничные дни обитель посетил наместник Троице-Сергиевой лавры архиепископ Феогност.
Помимо России особенно много паломников в Свято-Пантелеимоновский монастырь приезжает с Украины. Так, несколько лет подряд, как правило осенью, в Свято-Пантелеимоновский монастырь в 2000-х — начале 2010-х гг. приезжал митрополит Черновицкий и Буковинский Онуфрий (Березовский), избранный 13 августа 2014 г. Предстоятелем Украинской Православной Церкви (Московского Патриархата). Владыка всегда привозил с собой целый трейлер подарков. Затем архипастырь объезжал русских келлиотов, одаривая их продуктами и душевным теплом. Митрополит Онуфрий является не только частым гостем, но и большим другом Свято-Пантелеимоновского монастыря.
В июле — августе 2014 г. состоялось паломничество на Афон группы духовенства и военнослужащих, организованное Синодальным отделом Украинской Православной Церкви (Московского Патриархата) по взаимодействию с Вооруженными силами Украины. Возглавил паломничество председатель этого отдела митрополит Белоцерковский и Богуславский Августин. Паломники ставили перед собой задачу помолиться в афонских монастырях о прекращении кровопролития на Украине и за упокой души новопреставленного Предстоятеля Украинской Православной Церкви митрополита Владимира (Сабодана). Всего 9 августа 2014 г. память св. вмч. Пантелеймона в русский святогорский монастырь пришли почтить более 500 паломников. Таким образом, можно говорить о возрождении массового паломничества из России и других стран СНГ на Афон.
В 1999 г. в Руссике, в одном из зданий монастырской мельницы, рядом с церковью св. прор. Илии, в келлии, где когда-то подвизался схимонах Силуан (Антонов), был освящен новый храм в честь самого преподобного Силуана. В братской костнице после капитального ремонта в 2002 г. был устроен храм в честь Всех святых. В 2003 г. в монастыре возвели храм, посвященный св. прав. Еввуле, матери св. вмч. Пантелеймона, и свмч. Ермолаю. Этот храм был освящен в 2003 г. митрополитом Черновицким и Буковинским Онуфрием (Березовским).
В 2004 г. из руин был восстановлен Больничный корпус, освященный в 2007 г. митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом. В последующие годы монастырскую больницу оснастили специальным оборудованием, в ней создали медицинские кабинеты различного профиля и больничные палаты. В верхнем этаже Больничного корпуса был устроен храм в честь Всех святых Афонских.
Со временем в монастыре появились свои иконописцы: монахи Ефрем (Макаров), Варсонофий (Рылло) и послушник Димитрий. В 2004 г. они принимали участие в реставрации кладбищенской церкви, в дальнейшем написали много икон и картин, реставрировали росписи храмов Старого Руссика и т. д. Из других новых насельников обители особо следует упомянуть отца духовника братии иеромонаха Макария схимонаха Павла (Макиенко), скончавшегося на Афоне в 1999 г., а также известного ученого-радиофизика академика Олега Павловича Гудкова, принявшего постриг в мантию с именем Олимпий и почившего на Афоне в 2012 г.[727]
Постепенно начали возрождаться и скиты Свято-Пантелеимоновского монастыря — Новая Фиваида и Успения Пресвятой Богородицы (Ксилургу) и Старый (Нагорный) Руссик. В начале 1990-х гг. болгарский Зографский монастырь передал общине русских монахов, которую возглавлял известный старец Рафаил (бывший насельник Спасо-Преображенского Валаамского монастыря), Предтеченскую келлию (вблизи арсаны). В 1998 г. эта община численностью около 15 человек перешла в скит Новая Фиваида, пустовавший с начала 1980-х гг. Первоначально возрождение скита проходило с большими трудностями. В 2001 г. Кинот постановил выселить старца Рафаила за неимением вида на жительство, сначала он не ушел и спасался в небольшой келлии, однако в 2002 г. был вынужден вернуться в Россию. Братия осталась и продолжила нести иноческое послушание[728]. 3 февраля 2002 г. Святейший Патриарх Алексий II утвердил разработанный в Отделе внешних церковных связей Московского Патриархата проект «Положения о монашеском общежитии „Фиваида“ — филиале Свято-Пантелеимоновского монастыря»[729]. В дальнейшем в Новой Фиваиде были проведены большие ремонтно-реставрационные работы и появились новые русские насельники.
В скиту Успения Пресвятой Богородицы (Ксилургу) в 1990-е гг. жил один скитоначальник — схимонах Иаков (Полянский). Он прибыл в Свято-Пантелеимоновский монастырь из СССР в 1972 г. Игумен направил его в скит Успения Пресвятой Богородицы, где жили два престарелых болгарских монаха, и вскоре, после их кончины, отец Иаков остался один. Он с усердием нес послушание хранить первоначальную русскую обитель на Афоне, в которой находился древнейший русский храм XI в. Успения Пресвятой Богородицы. Несколько раз к отцу Иакову, который организовал ладанную мастерскую, присылали молодых послушников, но они не выдерживали тяжелой жизни в отдаленном скиту и уходили обратно в монастырь. В середине 1990-х гг. монах принял постриг в схиму с сохранением прежнего имени. В 1999 г. в скиту произошел сильный пожар, сгорели несколько корпусов, в том числе библиотека. К счастью, все ценные и древние книги и рукописи уже давно были перенесены в монастырь и хранятся в его архиве, не пострадали и все три храма. В начале 2001 г. престарелый отец Иаков перешел в Свято-Пантелеимоновский монастырь[730].
При этом в апреле 2001 г. Священный Синод Константинопольского Патриархата предпринял попытку заселить тогда пустующий и разрушающийся скит Успения Пресвятой Богородицы греческими монахами, но благодаря мерам, предпринятым Отделом внешних церковных связей Московского Патриархата, и поддержке консульства Российской Федерации угрозу потери обители для русских насельников удалось предотвратить[731].
Вскоре в скиту поселилось несколько молодых иноков и послушников. В 2004 г. в Ксилургу послали бывшего антипросопа монастыря иеромонаха Николая (Генералова), подвизавшегося на Святой Горе с 1978 г.[732] В 2005 г. с помощью реставраторов из Санкт-Петербурга началось возобновление древнейшей русской обители. Был отстроен сгоревший братский корпус, отреставрирован Успенский собор, в котором возобновились богослужения. С 2010 г. началось изучение и освоение окрестной территории скита с целью уточнения его границ. После расчистки непроходимых зарослей была обнаружена целая цивилизация, когда-то созданная насельниками: каменные мосты, две мельницы, сложная система водосборных каналов для подачи воды, аллеи, дороги, остатки садовых посадок[733]. В настоящее время реставрация скита Успения Пресвятой Богородицы близится к завершению.
Скит Старый (Нагорный) Руссик в 1990-е гг. имел одного насельника-смотрителя иеродиакона Иону, после смерти которого опустел. Восстановление скита началось только в 2010-е гг. Тогда же началось частичное возрождение и метоха Крумица, хотя многие его постройки еще находятся в руинированном состоянии.