Перелом в крестьянской войне наступил в октябре 1670 года под Симбирском. Степан Разин получил ранение и в сопровождении верных казаков вернулся на Дон. До конца года правительственные войска вернули под свой контроль Симбирск, Козьмодемьянск, Алатырь, Саранск, Пензу. В начале 1671 года Разин стал собирать новое войско, но его планам было не суждено сбыться. Зажиточная часть донского казачества противилась разинскому движению. По распоряжению состоятельных казаков Степана Разина и его брата Фрола схватили и препроводили в Москву на государев суд. Последним городом, находившимся под властью восставших, была Астрахань, но и она пала в конце 1671 года. Так закончилась величайшая на тот момент авантюра в российской истории, в которой соединились преступные мотивы, политические лозунги и общесоциальные призывы.
Братьев Разиных судили как настоящих воров и богоотступников. Предводитель восстания Степан Разин был обвинен в многочисленных убийствах, грабежах и других злодеяниях. Описание его бесчинств содержится в сохранившемся приговоре казачьему атаману: «В прошлом во 175 году, забыв ты страх божий и великого государя царя и великого князя Алексея Михайловича крестное целование и ево государскую милость, ему, великому государю, изменил, и собрався, пошел з Дону для воровства на Волгу. И на Волге многие пакости починил, и патриарш и монастырские насады, и иных многих промышленных людей насады ж и струги на Волге и под Астараханью погромил и многих людей побил». Разину припомнили все злодейские случаи: от похода на Астрахань до стояния под Симбирском.
Приговор братьям был суров: «И за такие ваши злые и мерские пред господем богом дела и к великому государю царю и великому князю Алексею Михайловичю за измену и ко всему Московскому государству за разоренье по указу великого государя бояре приговорили казнить злою смертью — четвертовать». 6 (16) июня 1671 года приговор был приведен в исполнение на Болотной площади Москвы. При стечении народа Степана Разина четвертовали, тогда как Фрол не выдержал жестокой казни брата и прокричал: «Слово и дело государево!» Это продлило ему жизнь, пока следователи выясняли, какие сведения государственной важности ему были известны.
Массовые казни над мятежниками продолжались на всей территории Поволжья. На виселицах и кольях закончились жизни многих восставших казаков и их сторонников. С подавлением мятежа разбойничьи вылазки казаков с Дона не прекратились, но стали более осторожными. Теперь донские казаки лишь изредка предпринимали грабительские походы на Волгу и Каспийское море. Цепочки правительственных военных гарнизонов в Поволжье оперативно предупреждали появление казачьих шаек в зоне их видимости и в целом закрывали движение по реке. Волжские походы такого масштаба, какие предпринимал Степан Разин, более уже не повторялись.
Спустя без малого 40 лет причины разинского восстания с удивительной точностью повторились, что привело к новому бунту в казачьей среде. В петровское время Россия вступила в тяжелую Северную войну со Швецией. Для снабжения армии и флота Петр I ужесточил повинности: поднял налоги и увеличил рекрутские наборы. Они тяжким грузом легли на плечи крестьянского населения страны. Спасаясь от поборов, трудной судьбы и мрачных перспектив, крепостные крестьяне бежали на южные окраины в надежде влиться в ряды казаков и получить свободу. Давнее правило «с Дону выдачи нет» гарантировало им недосягаемость для царских указов и требований властей.
Такое положение дел не устраивало Петра I. Казачья вольница стимулировала еще больший отток людских ресурсов, которые были так необходимы царю для продолжения войны со шведами. В целях возврата беглых крестьян 6 (17) июля 1707 года Петр I издал указ князю Ю. В. Долгорукому, где распорядился последнему «во всех казачьих городках переписав за провожатыми и с женами и с детьми выслать по прежнему в те ж городы и места, откуда кто пришел. А воров и забойцов, есть ли где найдутца, имая отсылать за караулом к Москве или в Азов». Долгорукий в точности исполнил указ, в сентябре того же года появившись с отрядом солдат на верхнем Дону. В результате военного рейда князю удалось отыскать и вернуть несколько сотен беглых крепостных крестьян с семьями.
Между тем поведение правительственных войск на Дону вызывало возмущение и гнев казаков. Помимо ограничения казачьей вольности, царский отряд чинил разного рода жестокости. Казачий сотник Кондратий Булавин в письмах так описывал зверства солдат: «А нашу братью казаков многих пытали и кнутом, били и носы и губы резали напрасно, и жён и девиц брали на постели насильно и чинили над ними всякое ругательство, а детей наших младенцев по деревьям вешали за ноги». Булавину удалось собрать несколько сотен соратников, чтобы противостоять царским войскам. В ночь на 8 (19) октября 1707 года казаки наголову разбили отряд Долгорукого и убили самого князя. По самой распространенной версии, выражение «хватил кондратий» или «кондрашка хватила» связано с этим дерзким нападением на правительственное войско. Так стали обозначать внезапную смерть наподобие той, которая случилась с князем Долгоруким от рук казаков Кондратия Булавина.
После победы по примеру своего славного предшественника Степана Разина Булавин объявил поход на Москву. Меж тем против мятежников выступил лояльный Москве казачий атаман Лукьян Максимов. В стычке близ городка Закотное Максимов разбил отряд Булавина и вынудил последнего бежать в Запорожскую Сечь. На следующий год казачий бунт развернулся с новой силой. В апреле 1708 года в сражении на реке Лисковатке булавинцы взяли реванш над войсками провластных казаков. 1 (12) мая отряды восставших вошли в столицу донского края — город Черкасск. На казачьем кругу сторонник русского царя Лукьян Максимов был осужден на смертную казнь, а Булавин избран войсковым атаманом.
Бунтовщики разделились на три части. Первый отряд отправился на Волгу и безуспешно осаждал Саратов, после чего двинулся на Царицын и 7 (18) июня взял его. Вторая часть отряда вышла на Северский Донец, где встретилась с войском князя В. В. Долгорукого, брата погибшего Ю. В. Долгорукого. Здесь в ряде сражений казаки потерпели поражение от превосходивших их по силам правительственных войск. Третья часть бунтовщиков во главе с атаманом Булавиным предприняла штурм Азова. 7 (18) июля вскоре после неудачного приступа азовской крепости Булавин погиб в результате заговора, организованного против него казацкими старшинами.
Со смертью предводителя казачий мятеж разбился на отдельные не скоординированные между собой выступления. В июле 1708 года войска В. В. Долгорукого вошли в Черкасск и устроили показательные казни бунтовщиков. В августе повстанцев выдавили из Царицына. Часть казаков во главе с Игнатом Некрасовым ушла на территорию Кубани, находившейся под властью Крымского ханства. Остальная часть сопротивлялась правительственным отрядам на Северском Донце вплоть до ноября 1708 года. В апреле 1709 года Петр I прибыл на Дон, чтобы лично удостовериться в полном подавлении восстания. После посещения донского края царь отправился в Таганрог, а потом на Украину, где через несколько месяцев вместе с русскими войсками участвовал в Полтавском сражении.
Подавление булавинского восстания имело далеко идущие последствия. Царская власть на Дону усилилась. В декабре 1708 года донские земли были включены в состав Азовской губернии. Количество русских крепостей на казачьих землях возросло. Коменданты крепостей получили право решать как споры между казаками, так и споры казаков с соседними народами. Роль войскового круга в управлении казачьими делами постепенно угасала. Важнейшую его прерогативу, избирать войскового атамана, Петр I присвоил себе, и далее атаманы назначались уже только из центра. В 1721 году казаков вывели из-под управления Коллегии иностранных дел и подчинили Военной коллегии. Казачьи земли окончательно перестали считаться зарубежными территориями, а казаки стали нести военную службу в регулярной армии. Все эти меры лишили казаков самостоятельности и интегрировали их в структуру зарождавшейся империи.
Усиление центральной власти на Дону привело к уменьшению грабительских походов. Царские указы, гарнизоны и войска надежно связали руки предприимчивых казаков. Теперь любой разбойничий выход своевременно пресекался изнутри. Если после разинского восстания донские казаки оказались существенно ограничены в передвижениях за пределы своего края, то после булавинского бунта казачья жизнь на Дону была целиком подчинена царской власти. Москва постепенно прибрала к рукам все ниточки управления некогда свободной территории. Судьбе своих донских соратников последовали яицкие казаки.
Заселение берегов Яика казаками происходило в конце XVI века, когда часть волжских казаков бежала сюда, спасаясь от царских войск и правительственного давления. В 1577 году Иван Грозный снарядил на Волгу отряд стрельцов во главе с Иваном Мурашкиным, которому приказал: «Где бы он тех воров-казаков ни застал, велел их пытать, казнить и вешать». Жесткая государственная политика вынудила казаков переселиться на другое, более безопасное место. В 1580-х гг. они основали свои первые поселения на Яике. Столицей яицкого казачества на долгие годы вперед стал Яицкий городок. В 1613 году яицкие казаки обратились к царю Михаилу Федоровичу с челобитной о принятии их в русское подданство. Царь принял прошение и в 1615 году пожаловал царскую грамоту «на владение рекою Яиком, с сущими при ней реки и притоки, и со всеми угодьями с правой и левой стороны, начиная от впадения реки Илека и до устья» с дозволением «набираться на житье вольными людьми».
Несмотря на подчинение центральной власти, яицкие казаки еще долгое время сохраняли самостоятельность во внутренних делах. Вольность в решении насущных вопросов позволяла им планировать и совершать грабительские походы. Так, яицкие казаки участвовали в «походе за зипунами» в Персию в составе отряда Степана Разина. В 1677 году отряд из 300 казаков напал на Гурьевский городок в устье Яика и разграбил местные склады. Между тем влияние московских порядков только усиливалось: яицкие казаки участвовали в военных походах в составе царских отрядов, охраняли границы русского государства от набегов степных кочевников.
При Петре I государственная служба яицких казаков стала носить более постоянный характер. Они принимали участие во взятии Азова и сражениях со шведами. Выполняя царский указ, в 1717 году они в составе крупного войска предприняли неудачный поход в Среднюю Азию с целью склонить Хивинское ханство к русскому подданству. В 1721 году указ Петра I о переподчинении казаков Военной коллегии на Яике был встречен враждебно. Ситуацию усугубили решения царя о возврате беглых с казачьих территорий и назначении атамана волею царя. Вспыхнул бунт, который был жестоко подавлен. С этого момента яицкое казачество внешне целиком подчинилось царской власти, а внутри наметился раскол. Казаки разделились на тех, кто поддерживал новые порядки, и тех, кому они не нравились. Озлобленность последних со временем только возрастала, пока не случилось непредвиденное.
Причинами народных волнений стали тяжесть Русско-турецкой войны 1768–1774 гг. и плачевное положение низших слоев российского общества. Особенное бедствие терпело население удаленных от столиц провинций, из которых центральная власть выкачивала финансовые, материальные и человеческие ресурсы для поддержания столичного уровня жизни и деятельности армии. Общие для всех проблемы с удвоенной силой отражались на местных народах: татарах, башкирах, калмыках, чувашах. Они охотно поддерживали выступления против гнета царских чиновников и богатых помещиков. Спусковым механизмом, запустившим народные волнения, стало недовольство яицких казаков военными приказами. В начале 1772 года они отказались выполнять правительственные распоряжения, посчитав их вмешательством в казачьи дела. Отправленная в Яицкий городок следственная комиссия обвинила казаков в неповиновении и предприняла попытку наказать виновных. В ответ казаки организовали отпор, а после того как по ним открыли огонь, напали на представителей власти и многих убили. Для подавления бунта власти снарядили на Яик войско во главе с генералом Ф. Ю. Фрейманом. В июне 1772 года восставшие потерпели поражение, бунт захлебнулся, но казаки подспудно искали нового повода для мятежа.
Такой случай представился на следующий год, когда в августе 1773 года в бескрайних южноуральских степях появился выдававший себя за императора Петра III казак Емельян Пугачев. Собрав вокруг себя наиболее преданных казаков, новоявленный
На огромной территории между Волгой и Уралом мятежники вершили насильственный суд над дворянами, попами и помещиками. Местное население чаще помогало, чем препятствовало в этом. В воспоминаниях участника событий горного писчика Д. В. Верхоланцева содержится описание обеих ситуаций: «Сундырь сожгли и разграбили за то, что жители его погрузили барки в воду, чем и затруднили нашу переправу за Волгу. От Сундыря направились мы мордовскими и черемисскими деревнями. Жители их более всего жаловались на попов за их поборы, и видя, что Пугачев не щадил их, они сами тирански управлялись с ними: вешали на ворота и иными средствами мстили за себя. В Курмыше на Суре, близ Алатыря, на одном острове человек 200 бояр со своими людьми и пожитками укрылись от нас, вооружась, впрочем, кто чем мог, на случай опасности. Завидев нас, крепостные люди связали их и выдали нам: их кололи пиками, а младенцев о землю хлестали».
Городок Сундырь был захвачен после отступления восставших из-под стен Казани, которая стала поворотным пунктом в развитии пугачевского бунта. Овладев Казанью, казаки приступили к грабежам и убийствам всех, кто попадался им на глаза в западноевропейской одежде, считая их ненавистными дворянами. Пугачев распорядился освободить из казанской тюрьмы заключенных, среди которых была его первая жена Софья с детьми. В городе начались попойки, и большое количество пьяных казаков во многом дестабилизировало пугачевские отряды. Менее одного дня Казань находилась в руках мятежников. К городу подошли отряды имперского генерала И. И. Михельсона и во многочасовом сражении одержали верх над восставшими. Им пришлось покинуть город и под натиском правительственных сил двинуться в сторону Саранска и Пензы.
После вхождения в Саранск и спустя 3 дня после занятия Пензы Пугачев от имени императора Петра III издал свой главный программный документ — указ о вольности крепостных крестьян. Известный как манифест от 31 июля (11 августа) 1774 года документ предусматривал освобождение крестьян от «рекрутских наборов, подушных и протчих денежных податей, владением землями, лесными, сенокосными угодьями и рыбными ловлями, и соляными озерами без покупки и без оброку; и свобождаем всех от прежде чинимых от злодеев дворян и градцких мздоимцов-судей крестьяном и всему народу налагаемых податей и отягощениев». Помимо дарования крестьянам «вольности и свободы», указ содержал призыв к уничтожению их главных недоброжелателей: «кои прежде были дворяне в своих поместиях и водчинах, — оных противников нашей власти и возмутителей империи и раззорителей крестьян, ловить, казнить и вешать, и поступать равным образом так, как они, не имея в себе христианства, чинили с вами, крестьянами».