Укрепление присутствия Русской Православной Церкви в странах с русской диаспорой встречало сопротивление со стороны Константинопольского Патриархата, придерживающегося мнения о своем исключительном праве на окормление любой православной диаспоры. В 1999 году был спровоцирован конфликт в Венгрии, где Константинопольский Патриархат потребовал переподчинения себе части православных приходов, в том числе Успенского кафедрального собора в Будапеште.
Сложная обстановка складывалась и в отношениях с Архиепископией русских православных приходов в Западной Европе (Константинопольский Патриархат). В феврале 2001 года митрополит Кирилл, возглавивший церковно-общественные торжества в честь 70-летия Трехсвятительского подворья в Париже, встретился с членами епархиального совета Архиепископии. Во время встречи было принято решение о создании двусторонней комиссии по изучению вопроса о возможности дальнейшего сближения и сотрудничества между Московским Патриархатом и Архиепископией.
Митрополит Кирилл постоянно посещал приходы Русской Православной Церкви в дальнем зарубежье, укрепляя их связь с родной Церковью и оказывая им необходимую поддержку. Его визиты, неизменно включавшие и встречи с руководством стран и городов, в которых живут соотечественники, играли определяющую роль в выстраивании взаимоотношений русских приходов с местной властью.
Особой задачей были переговоры о возможности открытия приходов в тех странах, где русская православная диаспора находилась без пастырского окормления. В 1997 году митрополит Кирилл провел переговоры об открытии прихода в Панаме, на встрече с президентом Панамы Э. Перес Бальядаресом была достигнута договоренность о
Визит Патриарха Кирилла на Кубу. 2016 г.
В июле 1998 года митрополит Кирилл посетил с этой же целью Кубу, где также достиг взаимопонимания с государственной властью по вопросу открытия русского прихода в Гаване. В том же году был учрежден первый православный приход на Кубе, богослужения проводились в помещении российского торгового представительства. В ноябре 2004 года митрополит Кирилл встретился в Гаване с главой Кубинского государства Фиделем Кастро и согласовал строительство нового храма, который был заложен незамедлительно самим митрополитом Кириллом. Строительство завершилось в 2008 году.
Встреча Патриарха Кирилла с Ф. Кастро. 2016 г.
География открытия новых приходов Русской Православной Церкви на рубеже XX и XXI веков охватывает все континенты. Уже в 2004 году приходы Русской Православной Церкви имелись в 44 странах мира, в 2008 году — в 51 стране, причем самый активный рост приходов наблюдался в странах Южной Америки, Азии и Ближнего Востока, то есть в странах с уже новой русской эмиграцией.
Митрополит Кирилл так охарактеризовал этот процесс:
Во взаимодействии с Императорским Православным Палестинским обществом (ИППО), членом которого митрополит Кирилл стал в 1982 году (в настоящее время председатель комитета почетных членов ИППО), стали последовательно осуществляться возрождение паломничества на Святую Землю, возвращение собственности Русской Православной Церкви в Израиле, научное освоение наследия Русской Духовной Миссии (РДМ), работа над новыми исследованиями. При участии митрополита Кирилла стали проходить научные конференции по истории Святой Земли и деятельности РДМ, 15–16 апреля 1997 года состоялась организованная ОВЦС юбилейная конференция, посвященная 150-летию РДМ в Иерусалиме.
Патриарх Алексий II и митрополит Кирилл во время визита на Святую Землю. 2000 г.
После визита делегации Русской Православной Церкви во главе с Патриархом Алексием II на Святую Землю в июне 1997 года, во время которого Патриарх и митрополит Кирилл провели переговоры с Иерусалимским Патриархом Диодором I, президентом Израиля и премьер-министром страны, мэром Иерусалима, главой Палестинской автономии Я. Арафатом, ОВЦС начал активную подготовку к празднованию 2000-летия Рождества Христова на Святой Земле.
В ноябре 1998 года митрополит Кирилл провел на Святой Земле еще один раунд встреч с государственными деятелями Израиля и Палестинской автономии. Проведенная работа позволила большой делегации Русской Православной Церкви во главе с Патриархом Алексием II 2–7 января 2000 года принять участие в праздновании на Святой Земле 2000-летия Рождества Христова, совершить богослужения как на территории Израиля, так и в пределах Палестинской автономии. 7 января состоялось праздничное богослужение с участием глав Православных Церквей и глав православных государств (Белоруссии, Болгарии, Греции, Грузии, Кипра, Молдавии, Румынии, Украины). Россию представлял первый президент РФ Б. Ельцин.
Принесение мощей вмч. Пантелеимона. Москва. 2000 г.
В октябре 2007 года в Иерусалиме проходили торжества, посвященные 160-летию РДМ, которые возглавил митрополит Кирилл. В ходе визита состоялись его встречи с Патриархом Иерусалимским Феофилом, президентом Израиля, мэром Иерусалима, министром туризма Израиля, главным раввином Израиля, руководством Палестинской автономии. Главным событием торжеств стало малое освящение соборного храма Всех святых, в земле Российской просиявших, в Горненском женском монастыре, совершенное митрополитом Кириллом.
Постоянное внимание митрополита Кирилла в эти годы было обращено на проблемы русского присутствия на Афоне, где в начале 80-х годов XX века оставалось чуть более 20 русских насельников. Постановлением правительства Москвы от 6 августа 1991 года в пользование Московскому подворью афонского Пантелеимонова монастыря был передан комплекс храма великомученика Никиты, что за Яузой, там проходили испытательный срок кандидаты на постоянное проживание на Святой Горе.
Ко времени визита на Афон Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в июне 1992 года братия Пантелеимонова монастыря на Афоне насчитывала уже 40 человек. 25 октября 1995 года в Москву был привезен список Иверской иконы Божией Матери, созданный иконописцем афонского монастыря Ксенофонт иеромонахом Лукой специально для восстановленной Иверской часовни у Воскресенских ворот на Красной площади. В апреле — июне 1996 года в Москве находилась принесенная из Пантелеимонова монастыря глава великомученика Пантелеимона, в июне — августе 2000 года святыня побывала в Киеве, Санкт-Петербурге и Москве.
15 сентября 2001 года по распоряжению митрополита Кирилла в ОВЦС была создана рабочая группа по Афону, которой было поручено рассмотреть все вопросы, связанные с положением в Пантелеимоновом монастыре и паломничеством на Святую Гору. К 2002 году численность братии Пантелеимонова монастыря составляла около 50 человек. Наметились позитивные изменения в жизни монастыря: восстановлены порядок и строй монашеской жизни, на средства жертвователей отремонтированы несколько корпусов и все храмы.
Работа с соотечественниками
В числе усилий митрополита Кирилла, направленных на консолидацию русской диаспоры, следует упомянуть многочисленные встречи соотечественников, состоявшиеся по его инициативе. 11 октября 2001 года в Москве в Колонном зале Дома союзов открылся V Конгресс соотечественников, проживающих за рубежом. В работе Конгресса приняли участие президент России В. В. Путин, руководители высших органов государственной власти, представители русских общин в странах ближнего и дальнего зарубежья, архиереи и священнослужители Русской Православной Церкви. Выступая перед собравшимися, митрополит Кирилл рассказал о ви́дении Церковью проблемы соотечественников, проживающих за рубежом. Митрополи заявил о необходимости достижения единства нации и преодоления разделений по политическому признаку[401].