После смерти о. Михаила обслуживать церковь в Чертежном и общину в расположенном неподалеку г. Межилаборцы (где находилось кладбище русских воинов, павших в Первую мировую войну) из монастыря был направлен местный уроженец иеромонах Игнатий (Чокина), вскоре возведенный в сан игумена. В связи с этим 1944 г. иеромонах Киприан (Пыжов) написал иконы для иконостаса церкви в с. Чертежное. Архиерейский Синод был вынужден рассматривать дело самовольно покинувшего обитель монаха Вячеслава (Нестеренко), постановив лишить его монашества, если он в месячный срок не вернется в монастырь. Правда, к такому наказанию прибегать не пришлось. Следует отметить, что Духовный Собор обители в середине октября 1941 г. отправил письмо с изложением дела монаха Вячеслава архиепископу Виталию (Максименко) в США.
Постепенно появлялись новые насельники: в 1941 г. — временно иеромонах Антоний (Медведев), затем — иеродиакон Геласий (Майборода, позднее архимандрит), священник Константин Махлайчук, послушник Василий Ковшов. С января 1942 г. по май 1945 г. в обители проживал и служил протоиерей Иоанн Иванов (ранее настоятель церкви в Межилаборцах).
14 ноября 1944 г., уже в Братиславе, в число братии были приняты архимандрит Агапид и игумен Валентин, а 5 декабря в братство вступил послушником эвакуировавшийся с Украины бывший член тайной иосифлянской общины Петр Чернобыль (в дальнейшем архимандрит Нектарий). В своих воспоминаниях о. Нектарий писал, что в Братиславе он пел на клиросе монастырской церкви, и в числе посещавших храм многих русских эмигрантов, беженцев и восточных рабочих был один тверянин, отбывавший в 1930-е гг. срок заключения в лагере вместе с катакомбным схиепископом Петром (Ладыгиным). Этот очевидец рассказал о схиепископе и мучениях заключенных в советских лагерях на специально устроенной встрече с братией.[664]
9 августа 1944 г. архимандрит Серафим последний раз отправил письмо Синоду Болгарской Церкви. Он сообщил, что, переехав в Братиславу, монахи захватили с собой большую часть типографского шрифта, рассчитывая возобновить издательскую деятельность в братиславской типографии «Меркурий», где им предоставили печатные машины и возможность работать. В связи с этим отец Серафим просил Синод о продолжении финансирования издательской работы насельников, а так о желательности оказания помощи эвакуированной в Словакию большой группе священнослужителей автономной Украинской Православной Церкви.[665] Однако вскоре после прихода письма в Софию политическая ситуация в Болгарии коренным образом изменилась (страна была занята советскими войсками), и помощь в этот раз оказана не была.
Однако даже при остром недостатке средств, в тяжелых условиях временного пребывания в Братиславе монахи смогли наладить типографскую работу и по многочисленным просьбам мирян напечатали (в начале декабря) 1000 церковных календарей на 1945 год и один — последний за военный период номер «Православной Руси» (от 22 октября 1944 г.). Кроме того, они ездили окормлять паству в соседние городки и села. Когда в середине ноября словацкие власти выделили братство единовременное пособие в размере 5000 крон, Духовный Собор решил из этой суммы 1000 крон выплатить певчим хора, а 500 — передать беднякам, «так как сейчас постоянно растет число существующих в бедности русских людей».[666]
Больше всего иноки беспокоились о судьбе духовных книг, которых оставалось на складе еще более 50 тонн. В конце концов, их упаковали в ящики и отправили в трех вагонах в Германию в надежде на спасение. Но два вагона сгорели при бомбардировках в Карлсбаде (Карловых Варах) и Ульме, а третий достался советским войскам под Веной. Его содержимое сложили в помещениях при русской церкви в Вене. Узнав об этом, братство ходатайствовало о получении хотя бы части своих книг, на что последовала резолюция Московского Патриарха Алексия: «Так как братство преп. Иова Почаевского находится во враждебном состоянии к советской власти, то вагон книг, захваченный советскими войсками, считается военным трофеем».[667]
Монахам удалось сохранить лишь три больших ящика литературы в Карлсбаде, которые в дальнейшем стали главным источником богослужебных книг для почти 200 православных приходов в послевоенной Германии. Одна партия литературы была спрятана в Словакии, но местные жители позднее передали их католикам.
Спасла братия (и позднее перевезла в США) хранившиеся в обители святыни: чтимую икону преп. Иова с частицей мощей святого (пребывавшую до революции в типографии Почаевской Лавры); привезенные эвакуированными из оккупированного Киева священнослужителями ковчежец XI века с мощами великомученицы Варвары и большую деревянную раку с 80 частицами мощей Печерских угодников, почивающих в пещерах Киево-Печерской Лавры; переданную монахам уже в Германии одним эвакуированным из СССР протоиереем частицу мощей преп. Серафима Саровского, помещенную в Женеве в резной деревянный ковчежец.[668]
С 26 июля по 1 августа 1944 г. архимандрит Серафим обсуждал дальнейшую судьбу обители и миссионерской типографии в Берлине и Торгау с митрополитом Серафимом (Ляде), был намечен маршрут эвакуации. 15 октября Духовный Собор монастыря решил в случае невозможности переселения в Швейцарию переехать в Берлин, открыв там подворье, а 28 октября обсуждал возможность создания своей типографии в Германии в составе Русской освободительной армии генерала А. А. Власова. Благодаря помощи проживавшего в США архиепископа Виталия (Максименко), к 30 октября братии удалось получить визы в Швейцарию на 15 лиц, однако намеченному переезду туда до конца войны помешали сложности с германскими транзитными визами.[669]
27 ноября архимандрит Серафим, несколько раз ездивший в Берлин, чтобы выхлопотать разрешение на пропуск братии в Швейцарию, познакомил членов Духовного Собора с теми условиями, которыми ему пришлось через митрополита Серафима (Ляде) передать немецким властям с целью получения транзитных виз. Однако эти обещания не помогли, последовал отказ. 9 декабря Духовный Собор, констатировав, что транзитных виз, вероятно, не будет, постановил начать хлопоты о получении двух вагонов для переезда в Германию. Было решено типографский шрифт отправить в Швейцарию, а сшивательную машину — в Германию.[670]
11 декабря Духовный Собор постановил направить к архимандриту Михаилу (Дикому) специальную делегацию для выражения благодарности за помощь, оказанную братству в Братиславе. Кроме того, члены Собора решили 100 килограмм отпечатанных церковных календарей на 1945 г. отправить в Швейцарию, 200 килограмм продать братиславскому приходу, а остальные 700 килограмм взять с собой в Германию. 27 декабря состоялось последнее заседание Духовного Собора в период войны. Были заслушаны доклады настоятеля о времени отъезда из Словакии и А. Власове, о котором архимандрит Серафим отозвался в целом положительно, отметив, что немцы не дают ему хода.[671]
4 января 1945 г. (к Рождеству) братство преп. Иова вместе с сопровождавшими лицами в количестве 49 человек выехало из Братиславы в Берлин, куда прибыло на следующий день. Митрополит Лавр (Шкурла) позднее вспоминал: «Вечером 5 января мы вышли из поезда и с большими трудностями, т. к. была объявлена воздушная тревога, добрались до кафедрального Берлинского собора… Первую ночь мы спали на клиросах в соборе. Там мы встречали Рождество Христово. Внизу была маленькая кухня, где нас кормила матушка Полина. Первый раз во время воздушной тревоги я вместе со всеми пошел прятаться в убежище, находившееся в крематории. Потом уже больше я не ходил, а оставался во время бомбежки в соборе, надеясь на милость Божию».[672]
На подворье в Братиславе (взятой советскими войсками 4 апреля 1945 г.) были оставлены его настоятель игумен Каллист и четыре церковнослужителя — мирянина. В помощь им еще в конце ноября 1944 г. был создан церковный комитет из постоянно посещавших обитель преп. Иова русских людей, под председательством К. Т. Белоусова и Н. Д. Колоколова. Для первоочередных нужд подворья была оставлена часть денег, кроме того, Духовный Собор 27 ноября решил по возможности поддерживать его из Швейцарии.[673]
Вскоре после приезда в Берлин несколько члена братства преп. Иова стали окормлять части вооруженных сил Комитета освобождения народов России (КОНР). Еще в середине декабря 1944 г. правитель дел Синодальной канцелярии РПЦЗ Г. П. Граббе провел беседу с А. А. Власовым в Берлине, в ходе которой генерал предложил ввести духовное лицо в качестве представителя Зарубежной Русской Церкви в состав КОНР и информировал о своем намерении создать особый отдел вероисповеданий. В письме от 25 декабря митрополит Анастасий поблагодарил А. Власова за его предложение, сообщив, что Архиерейский Синод в ближайшие дни изберет соответствующее лицо для участия в комитете.[674]
Через два дня митрополит Анастасий известил генерала о постановлении Синода от 2 января признать наиболее подходящим кандидатом для избрания в состав КОНР в качестве представителя Церкви архимандрита Нафанаила (Львова).[675] Однако архимандрит, почти не работал в составе комитета; лишь в середине января он, прибыв в Берлин, узнал о решении Синода, а в начале февраля основные структуры КОНР переехали из немецкой столицы в Карлсбад.
В январе 1945 г. члены братства преп. Иова Почаевского были лично приняты А. Власовым и по его указанию временно размещены в г. Дабендорфе под Берлином, где оказали значительную помощь в работе типографии школы пропагандистов РОА. По свидетельству протоиерея Димитрия Константинова архимандрит Нафанаил передал для местной церкви ряд церковных предметов из монастырских запасов, иногда служил в этом храме, как и другие монахи, имевшие священный сан. Кроме того, члены братии пели в состоявшем из курсантов школы церковном хоре под управлением регента Корсунского.[676]
Именно братия монастыря преп. Иова Почаевского в последние месяцы войны в основном и окормляла власовские части. Впрочем, формирования института военного духовенства в вооруженных силах КОНР что очень медленно. 23 ноября 1944 г. был издан приказ о формировании 1-й пехотной дивизии в городке Мюнзинген (земля Вюртемберг), в том же месяце на базе курсов подготовки младших офицеров при дивизии была создана Объединенная офицерская школа вооруженных сил КОНР, но первые священники появились в Мюнзингене только через два с лишним месяца.[677]
В соответствие со своими представлениями А. Власов 20–21 января 1945 г. учредил при КОНР чисто светский орган — Совет по делам вероисповеданий (своеобразный прообраз Министерства церковных дел). Из шести членов совета ни один не был священнослужителем, председателем являлся профессор Николай Николаевич Будзилович, а его заместителем — бывший председатель Комиссии по церковным делам при Русском комитете в Польском генерал-губернаторстве магистр богословия Александр Каллинникович Свитич.
21 января А. К. Свитич написал митрополиту Анастасию о создании совета, сообщил, что его председатель в ближайшее время нанесет визит митрополиту, и заверил Владыку в согласовании дальнейшей деятельности. Свитич также сообщил, что с настоятелем монастыря преп. Иова архимандритом Серафимом (Ивановым) он знаком с 1937 г., а с архимандритом Нафанаилом познакомился несколько дней назад: «…думаю, что остановленный на нем выбор возглавляемого Вашим Высокопреосвященством Св. Синода весьма удачен. С о. архимандритом мы найдем общий язык, и общими усилиями будем творить нелегкое дело восстановления поруганной большевиками нашей Матери-Церкви».[678]
В начале февраля руководство КОНР приняло решение о постепенной эвакуации его структур, некоторых гражданских лиц и духовенства из Берлина. Основные подразделения комитета переехали в Карлсбад (Судеты), А. Власов со своим штабом и ближайшими сотрудниками отдельным поездом отправился в Мюнзинген на смотр частей (в дальнейшем штаб переехал в Хойберг, а затем в Карлсбад). Вместе с генералом выезжал и причт походного храма св. апостола Андрея из Дабендорфа.