Первые годы правления Алексея Михайловича были ознаменованы созывом Боярской думы. Финансовая политика правительства Алексея Михайловича была ориентирована на увеличение налогов и пополнение за их счёт казны. Установление в 1645 году высокой пошлины на соль привело к народным волнениям — соляному бунту в Москве в 1648 году. Восставший народ требовал выдачи боярина Бориса Морозова. Своего „дядьку“ и родственника (Морозов был женат на сестре царицы) Алексею Михайловичу удалось спасти, отправив в Кириллов монастырь. Пошлина на соль была отменена. Во главе правительства был поставлен боярин Никита Одоевский, распорядившийся увеличить жалованье войску (стрельцам), которые подавили восстание.
Под руководством князей Одоевского, Фёдора Волконского и Семёна Прозоровского Алексей Михайлович подписал в начале 1649 года текст Соборного уложения — новых основ законодательства России. Документ утверждал принцип централизованного государства с авторитарной властью царя.
Закреплённая Соборным уложением отмена „урочных лет“ для сыска беглых крестьян укрепила позиции дворян. Существенно изменилось и положение посадских низов: все городские слободы были отныне „повёрстаны в тягло“, то есть должны были нести полное налоговое бремя.
Ответом на эти изменения в системе налогообложения были восстания 1650 года в Пскове и Новгороде. Их подавлением руководил новгородский митрополит Никон, ранее заслуживший доверие царя. Ещё в 1646 году, будучи игуменом Кожеезерского монастыря, приехав за сбором милостыни в Москву, он поразил Алексея Михайловича духовностью и обширными познаниями. Молодой царь назначил его сначала архимандритом Ново-Спасского монастыря в Москве, где была родовая усыпальница Романовых, а затем новгородским митрополитом. В 1652 году Никон был посвящён в патриархи.
В 1650–1660-х годах проводилась церковная реформа, которую на первых порах возглавлял патриарх Никон, приведшая к расколу Русской православной церкви и отлучению старообрядцев. В 1658 году в результате конфликта с царём Никон оставил патриаршество. В 1666 году по инициативе Алексея Михайловича был созван церковный Собор, на котором Никон был низложен и отправлен в ссылку.
По распоряжению Алексея Михайловича было проведено государственное реформирование — учреждены новые центральные приказы (органы центрального управления): Тайных дел (1648), Монастырский (1648), Малороссийский (1649), Рейтарский (1651), Счётный (1657), Литовский (1656) и Хлебный (1663). При Алексее Михайловиче началось первое в XVII веке реформирование русской армии — введение наёмных „полков нового строя“.
Особое внимание Алексей Михайлович уделял внешней политике государства. Крупным достижением русской дипломатии во времена его правления было воссоединение Украины с Россией».
«8 января 1654 года Переяславская Рада утвердила присоединение ряда украинских земель к России.
В 1667 году победоносно закончилась 13-летняя война с Польшей, и России были возвращены Смоленск, Киев и вся левобережная Украина. При этом Алексей Михайлович лично участвовал во многих из военных походов, руководил дипломатическими переговорами, контролировал деятельность русских послов.
На востоке страны трудами русских первопроходцев Семёна Дежнёва и Василия Пояркова к России были присоединены земли Сибири. Были основаны города Нерчинск (1656), Иркутск (1659), Селенгинск (1666). Успешно велась при Алексее Михайловиче борьба за безопасность южных границ России с турками и татарами.
В экономической политике правительство Алексея Михайловича поощряло промышленную деятельность, покровительствовало отечественной торговле, защищая её от конкуренции иностранных товаров. Этим целям служили Таможенный (1663) и Новоторговый (1667) уставы, содействовавшие росту и внешней торговли.