Павел погиб, а его сын вступил на престол под именем Александра I. Естественно, новому императору как человеку не чуждому сентиментальности присутствие при дворе Палена постоянно должно было напоминать о том, какой именно ценой он добился власти. К тому же монарх не мог до конца доверять человеку, уже однажды возглавившему заговор. 18 июня 1801 года Пётр Алексеевич был снят с поста генерал-губернатора и отправлен в отставку. Место его занял Кутузов.
Царским рескриптом за Михаилом Илларионовичем сохранялись все полномочия его предшественника, включая командование размещёнными в столице войсками и руководство полицией. Последующие рескрипты поручали ему „управление в здешней губернии гражданской частью“, а также управление „гражданской частью в Выборгской губернии“.
С учётом того, что за Михаилом Илларионовичем сохранялась должность инспектора войск Финляндской инспекции, фактически в его руках сосредоточилась вся военная и гражданская власть в столице, столичной губернии и Карелии. Вероятно, столь ответственному назначению он был обязан протекции тогдашней фаворитки государя — Марии Антоновны Нарышкиной.
Большую часть времени у Кутузова занимали петербургские дела. Его рабочий день начинался, как правило, в восемь утра в канцелярии, располагавшейся на Мойке между Красным и Синим мостами (на участке между нынешними Гороховой улицей и Исаакиевской площадью). Дважды в день, утром и вечером, Кутузов делал царю доклады о положении в столице.
При Михаиле Илларионовиче круг градоначальнических обязанностей существенно не изменился — поддержание порядка, приём рекрутов для пополнения гарнизона, проведение парадов, смотров и инспекций, караульная служба, хозяйственная жизнь, разбор жалоб, надзор за полицией.
Почти сразу по вступлении в должность новый генерал-губернатор принял меры к улучшению уличного освещения, а также борьбе с азартными играми, разбойничеством и бродяжничеством. Впрочем, суровое царствование Павла I было ещё слишком свежо в памяти, и криминальная обстановка в городе не внушала серьёзных опасений.
Кутузову удалось значительно увеличить сбор „питейных денег“, в результате чего казна получила дополнительно 365 тысяч рублей. По изданному генерал-губернатором особому положению были определены штаты и круг полномочий Санкт-Петербургской думы, а также канцелярии городской думы. Для улучшения продовольственного снабжения столицы близ Калинкина моста открылись провиантские склады.
Генерал-губернатор проявлял заботу об облегчении положения беднейших слоёв населения; ходатайствовал о скорейшей передаче дотаций казённым больницам и о предоставлении в этих больницах дополнительных мест для рабочих, занятых в сооружении Казанского собора.
Само строительство собора началось именно в градоначальствование Кутузова и протекало при его деятельном участии. Когда рабочих рук не хватало, генерал-губернатор присылал на подмогу команды солдат петербургского гарнизона. Этот собор стал первым крупным архитектурным сооружением столицы, построенным без участия иностранных специалистов. Но кроме того, ему суждено было стать поистине знаковым местом для самого Михаила Илларионовича: именно отсюда Кутузов отправился на войну с Наполеоном, здесь же был похоронен, и здесь же впоследствии увековечил его славу памятник.
Что касается новых объектов, появившихся в столице в 1801–1802 годах, то здесь следует отметить завершение строительства здания Публичной библиотеки, а также торжественное открытие на Марсовом поле памятника учителю Кутузова — генералиссимусу Суворову. Почти незамеченным прошло ещё одно важное событие — создание нового казённого чугунно-литейного завода, впоследствии ставшего одним из крупнейших в России (ныне Кировский завод).
Из тех обязанностей, с которыми пришлось столкнуться генерал-губернатору, одна была ему в новинку и, несомненно, доставила кроме хлопот и немалое удовольствие. С уходом в прошлое „павловских строгостей“ театр вновь вошёл в моду, так что в „кураторство“ Кутузову поступили гастролировавшие в Петербурге итальянская и немецкая театральные труппы. Михаил Илларионович от имени двора заключал контракты, согласовывал репертуар и отвечал за регулярность представлений. Супруга Кутузова слыла завзятой театралкой, да и он сам, судя по всему, не был холоден к „чарам Мельпомены“.
В целом же Кутузов ограничивал свою деятельность обычной рутинной работой, стремясь обойтись без каких-либо значительных хозяйственных и административных преобразований.
Скорее всего, в этом и не было необходимости, поскольку механизм городской администрации не давал сколько-нибудь серьёзных сбоев. Однако в 1802 году в столице произошло сразу несколько происшествий, поставивших под сомнение способность Кутузова руководить полицейскими структурами. Большой резонанс в обществе имели дуэли сначала между конногвардейцем Влодеком (будущим генералом и героем войны 1812 года) и неким Растворовским, затем между поручиком князем Голициным и камергером Давыдовым. Вскоре неизвестная карета сбила на Исаакиевской площади иностранца-англичанина, после чего скрылась с места происшествия. Далее у Михайловского замка злоумышленники ограбили и жестоко избили почтенного мещанина Ушакова (стоит сравнить с современным Петербургом).
Правда, всё это были довольно обычные происшествия. Большой скандал грянул позже…
С наступлением 1802 года в петербургском светском обществе начала блистать новая королева красоты — супруга французского торговца мадам Араужо. Отношения с супругом у неё были довольно сложными, и она весьма охотно флиртовала с поклонниками. В числе пленённых её красотой оказался брат императора и наследник престола великий князь Константин Павлович, ежедневно посылавший объекту своей страсти букеты цветов.
Особо привлекательной внешностью цесаревич не отличался, но не был и уродом, а высокий титул помогал ему одерживать любовные победы. Тем не менее добиться взаимности ему не удавалось. Зато, если верить слухам, более счастлив оказался некий не слишком знатный и богатый молодой человек, имя которого история не сохранила.
Встречи проходили следующим образом. Сначала госпожа Араужо приезжала в карете к своей подруге, молодой вдове баронессе Моренгейм, жившей на Невском проспекте в доме лютеранской Петропавловской церкви. Карету она отпускала, а затем сюда же в экипаже прибывал посыльный от её любовника, где указывался адрес очередной съёмной квартиры.
В том же экипаже госпожа Араужо отбывала по указанному адресу и спустя несколько часов возвращалась к баронессе Моренгейм, откуда её и забирала в заранее указанное время присланная из дома карета.
Благодаря своему приближённому генерал-лейтенанту Бауэру сценарий этих встреч стал известен Константину Павловичу, и он воспылал жаждой мести. 10 марта 1802 года по заданию цесаревича камердинер Бауэра Николай Бухальский нанял тот же самый экипаж, который обычно приезжал за красавицей, и переоделся кучером. В указанное время находившаяся у баронессы госпожа Араужо выглянула в окно, увидела знакомую карету, оделась и выпорхнула наружу. Как только она села в экипаж, лошади понеслись вскачь. Ловушка захлопнулась…
Француженку привезли в Мраморный дворец, в резиденцию цесаревича, силой затащили во внутренние апартаменты и изнасиловали. Первым, конечно, был Константин Павлович, затем Бауэр, его адъютанты, Бухальский и далее по субординации, вплоть до лакеев.