15 мая 1996 года макет храма был представлен Святейшему Патриарху Алексию II, посетившему Калининград со вторым первосвятительским визитом. А 23 июня 1996 митрополит Кирилл совместно с президентом России Б. Н. Ельциным совершили торжественную закладку собора, в основание которого была положена капсула с землей из-под Храма Христа Спасителя в Москве[157].
Освящение верхнего храма кафедрального собора Воскресения Христова в Калининграде. 10 сентября 2006 г.
Строительство величественного шестикупольного собора высотой 73 метра[158] и площадью 31 на 31 кв. м продолжалось более десяти лет. 10 сентября 2006 года Патриарх Алексий II освятил верхний храм нового кафедрального собора Калининграда в честь Воскресения Христова. На освящение прибыл президент России В. В. Путин, выразивший уверенность, что «это величественное сооружение превратится в духовный центр, который будет способствовать развитию дружбы и взаимодействия во всем Балтийском регионе Европы». 27 сентября 2007 года митрополит Кирилл совершил освящение нижнего храма собора в честь Нерукотворного образа Спасителя.
Никольский храм Калининградского женского монастыря во имя свт. Николая Чудотворца
Крестный ход в Приозерском Свято— Елисаветинском монастыре. 2018 г.
В епархии, где к 1985 году не было ни одного действующего монастыря, в конце 2008 года имелось уже десять обителей. Были возрождены древние монастыри: Авраамиев Смоленский в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне (конца XII — начала XIII века, возрожден в 2001 году, 16 ноября 2008-го митрополит Кирилл освятил престол нижней церкви Спасо-Преображенского собора), Свято-Троицкий Герасимо-Болдинский (XVI века, возрожден в 1991 году, Владыка освятил храм во имя равноапостольного князя Владимира в декабре 1991 года, Введенский трапезный храм 4 декабря 1997 года, Троицкий собор в июне 2010 года), Рославльский Спасо-Преображенский (XVI века, возрожден в 1996 году, восстановленные храмы обители митрополит Кирилл освятил в 1998 и 2000 годах); в Калининградской области при Владыке были основаны первые обители: Калининградский во имя святителя Николая Чудотворца женский монастырь (1998) и Приозерский во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы Феодоровны женский монастырь (2000). Последним в период управления епархией митрополитом Кириллом был основан Свято-Никольский скит смоленского Герасимо-Болдинского монастыря в бывшем селе Николо-Яровня Кардымовского района Смоленской области (2007).
Свято-Троицкий Герасимо-Болдинский монастырь
Первосвятительский визит в Смоленскую епархию. 1993 г.
Свято-Троицкий Герасимо-Болдинский монастырь был основан в 1528 году недалеко от города Дорогобужа. В 1922 году монастырь был закрыт и превращен в музей. Во время войны все монастырские постройки были взорваны фашистами. Поэтому восстанавливать обитель пришлось почти с нуля. Настоятель монастыря архимандрит Антоний (Мезенцев) вспоминал:
При поддержке митрополита монастыри епархии становились центрами не только духовной и богослужебной жизни, но и социальной и благотворительной деятельности: к 2009 году под постоянным попечением обителей находились Смоленский областной онкологический центр и больницы, детские дома и дома престарелых, монастыри окормляли воинские части, при них действовали православная гимназия, воскресные школы для детей и взрослых.
Митрополит Кирилл в православной гимназии Смоленска. 1990-е гг.
Митрополит Кирилл в православнойгимназии в Калининграде. 2008 г.
Как Божие благословение на труды по церковному возрождению духовенство и паства епархии восприняли чудо слезоточения иконы Божией Матери «Скоропослушница» 22 ноября 1991 года в Успенском кафедральном соборе Смоленска. Вскоре Владыка передал в Священный Синод акт об этом событии, и Синод, рассмотрев обстоятельства чуда, постановил считать происшедшее знаком
В мае 1993 года Смоленскую епархию посетил Патриарх Алексий II. Во время первосвятительского визита состоялся многотысячный крестный ход от собора к памятнику защитникам Смоленска, Патриарх побывал в Герасимо-Болдинском монастыре, в приходах Вязьмы. Первосвятитель высоко оценил труды митрополита Кирилла по восстановлению святынь и по развитию религиозного образования.
В 1996 году митрополит совершил перезахоронение в усыпальнице кафедрального смоленского Успенского собора праха своих предшественников на Смоленской кафедре: святых митрополитов Симеона (Милюкова), Сильвестра (Черницкого) и Дорофея (Короткевича), чьи останки в начале 30-х годов XX века были тайно перемещены из некрополя смоленского Троицкого монастыря на городское кладбище. 20 июля 2001 года состоялось обретение мощей преподобного Герасима Болдинского под руинами Иоанно-Богословского придела монастырского Троицкого собора.
Однако архиепископ Кирилл не считал открытие храмов своей основной задачей:
Смоленская духовная семинария
Столкнувшись в первые годы епархиального служения с острой нехваткой подготовленных священнослужителей и религиозной необразованностью паствы, митрополит Кирилл начал систематически развивать в Смоленской епархии как систему духовного образования для священнослужителей, так и катехизацию паствы. 27 мая 1991 года состоялся первый выпуск Смоленского межъепархиального духовного училища, в мае 1995 года училищу был присвоен статус духовной семинарии.
Митрополит Кирилл с первыми выпускниками Смоленской православной гимназии
В 2000 году в Смоленской духовной семинарии учебный процесс был реформирован согласно определениям Архиерейского Собора от 2 декабря 1994 года и Священного Синода от 19 июля 1999 года о преобразовании духовных семинарий из четырехгодичных средних учебных заведений в высшие учебные заведения с пятилетним сроком обучения.