Следуя традициям Ленинградских духовных школ, митрополит Кирилл огромное внимание уделял научно-исследовательской деятельности в духовных учебных заведениях. Уже в октябре 1992 года в Смоленском духовном училище состоялась первая научная конференция «Исихазм: истоки, история, актуальность», на которой прозвучали доклады ведущих специалистов из Москвы и Санкт-Петербурга. Через два года в училище снова собрались специалисты со всей страны на научный форум «Духовное просвещение в России. История и современность». В 2008 году прошла первая научно-практическая студенческая конференция «Вера и наука: от конфронтации к диалогу». Практика организации больших научных симпозиумов, так же, как и приглашение известных отечественных и зарубежных ученых читать лекции для студентов семинарии, постоянно расширяла кругозор учащихся и сферу научных интересов преподавателей (в числе преподавателей к концу 2008 года было 3 доктора наук и 13 кандидатов наук).
В 2008 году в Смоленской духовной семинарии на очном отделении училось 57 студентов из Смоленско-Калининградской, Брянской, Екатеринодарской, Псковской, Санкт-Петербургской, Тверской епархий, Витебской, Гомельской, Гродненской, Пинской, Туровской епархий Белорусского Экзархата, из Эстонской Православной Церкви, Средней Азии; 166 студентов обучались заочно. К 2009 году Смоленскую духовную семинарию окончили 412 выпускников (пастырское отделение — 320 человек, регентское отделение — 92 человека), 223 выпускника приняли священный сан (в том числе 135 человек — в Смоленско-Калининградской епархии).
Митрополиту Кириллу удалось кардинально повысить уровень образования духовенства: к концу 2008 года более 120 человек из 213 священно— и церковнослужителей епархии имели богословское образование, еще около 70 человек обучались заочно в семинарии.
Подготовка для епархии квалифицированных кадров позволила митрополиту Кириллу развернуть широкую катехизаторскую и просветительскую деятельность: уже летом 1991 года в епархии были созданы четыре молодежных православных лагеря, 31 августа 1992 года открылась первая православная гимназия. Во время визита в Смоленскую епархию в мае 1993 года Патриарх Алексий II освятил здание православного детского сада и отметил, что Смоленская епархия стала первой в Русской Церкви, где создана целостная система религиозного образования (к 2009 году там действовали три православных детских сада в Смоленской области, один — в Калининградской, две православные гимназии в Смоленской области и одна в Калининграде). Тысячи детей свое первое знакомство с Православием смогли осуществить в воскресных школах.
Ранее принятия общероссийской программы преподавания в школах основ православной культуры митрополит Кирилл развернул факультативное преподавание Закона Божия в школах и других учебных заведениях (в 1993-м — в двадцати семи школах, в педагогическом лицее и др.). Были подписаны соглашения с руководством областей о совместной воспитательной и образовательной деятельности (в 2003 году — с руководством Смоленской области, в 2006 году — с властями Калининградской области).
В 2008/09 учебном году духовно-нравственным образованием было охвачено в Смоленской области более 17 тысяч учащихся общеобразовательных школ и школ-интернатов, студентов среднего специального и высшего образования и других учебных заведений (в 1997 году — 3 тысячи человек). В восьмых классах школ Смоленской области факультативно изучали предмет «История православной культуры земли Смоленской» (около 9 тысяч учащихся почти в 500 школах); еще более 4 тысяч детей в 255 школах изучали основы веры в специализированных кружках. В Калининградской области в 2008/09 учебном году предмет «Православная культура» изучали более 8 тысяч учащихся, еще около 7 тысяч детей осваивали предмет «Истоки» как введение в изучение отечественной истории и культуры. С 2002 года в Смоленско-Калининградской епархии проводятся Сретенские молодежные образовательные чтения.
Спустя двадцать лет после назначения на Смоленскую кафедру митрополит Кирилл сможет подвести такие итоги:
Митрополит Кирилл находил возможность для встреч с учителями, врачами, представителями технической интеллигенции, которые становились его деятельными помощниками в просвещении паствы. В 2004 году в Смоленске начала работу двухгодичная школа подготовки учителей по специальности «Культурология. Православная культура», первый набор составил 100 человек. В 2006 году двухгодичная школа возобновила работу, число слушателей составило 85 человек. В 2001–2008 годах по специальности «православная культура» прошли обучение 833 учителя образовательных учреждений, воспитателя детских садов, преподавателя средних специальных учебных заведений и дополнительного образования. Подобные же курсы митрополит Кирилл создал и в Калининграде, где к 2008 году подготовку по программе «Православная культура» прошли более 100 педагогов.
Ежегодно проводились смоленские областные Рождественские педагогические чтения, в Калининграде — научно-практическая конференция «Вера, надежда, любовь в российской семье». В 120 библиотеках епархии к 2008 году общий книжный фонд составлял около 150 тысяч книг.
В апреле 1991 года было учреждено Смоленское отделение Всецерковного православного молодежного движения (основано в январе 1991 года), в 1993 году создана православная скаутская организация. В начале 2000-х годов начали работу епархиальный молодежный центр и созданные на его основе православный молодежный дискуссионный клуб «Логос» и арт-студия «Город мастеров», организованная выпускниками Смоленского государственного университета; приступили к осуществлению программы социализации детей-сирот «С надеждой на счастье» (помощь семьям, взявшим сирот на воспитание); были учреждены Смоленское братство православных следопытов, православный военно-патриотический клуб «Сокол» в Десногорске, приходский юношеский поисковый отряд «Гвардеец» в городе Ельня.
В 90-х годах в епархии началось социальное служение, оказание помощи незащищенным слоям населения. Выпускники отделения подготовки сестер милосердия Смоленского межъепархиального духовного училища работают в военном госпитале при Смоленской областной больнице, в Геронтологическом центре Смоленска и в хосписе. В Смоленске, Калининграде, Светлогорске, Правдинске, Черняховске, Балтийске организованы благотворительные столовые.
Развивая взаимодействие с воинскими частями и военными учебными заведениями, митрополит Кирилл поручал приходам, монастырям и священнослужителям епархии окормление более ста военных подразделений (пограничных, авиационных и железнодорожных частей, Военной академии ПВО, Военно-морского и Пограничного институтов, военных госпиталей). Архиерей неоднократно посещал воинские части, беседовал с офицерами и солдатами, освящал военную технику.
Митрополит Кирилл уделял особое внимание развитию епархиальных СМИ и взаимодействию со светскими изданиями, радио и телевидением. В июле 1993 года в епархии был создан информационно-издательский отдел. В том же году возобновлено издание журнала «Смоленские епархиальные ведомости», выходившего в епархии с 1865 по 1918 год. Ежеквартальные «Смоленские епархиальные ведомости» в начале 2000-х годов имели тираж в одну тысячу экземпляров. Начался выпуск миссионерской газеты «Смоленск православный». К 2008 году смоленские и калининградские приходы выпускали 23 периодических издания. С 2004 года кафедральный собор Христа Спасителя в Калининграде издает газету «Спас». В 2007 году была организована епархиальная телестудия «Просвещение», программы которой выходили в эфире региональных телекомпаний. По инициативе митрополита Кирилла православные полосы или приложения были не только в областных, но и во всех районных газетах Смоленской области и более чем в двадцати калининградских изданиях.
В декабре 1996 года в епархии был создан миссионерский отдел.
Будучи правящим архиереем Калининграда и области, митрополит Кирилл заботился не только о церковном строительстве и духовно-нравственном воспитании народа, но и о благосостоянии жителей этого российского региона. Используя свои международные связи, митрополит пытался, в частности, добиться от властей Евросоюза облегчения визового режима для жителей Калининграда и области, чтобы они могли беспрепятственно пересекать Литву. В 2002 году, во время визита в Брюссель, он ставил этот вопрос в беседах с председателем Еврокомиссии Романо Проди и руководством НАТО. Об этой проблеме митрополит говорил:
За время управления митрополитом Кириллом Смоленской и Калининградской епархией количество приходов в ней увеличилось: в Смоленской области до 140, в Калининградской области до 78. Ко дню вступления митрополита Кирилла на первосвятительский престол в Смоленско-Калининградской епархии строилось еще 39 храмов, в процессе восстановления находились 16 церквей, возрождено и открыто 10 монастырей, действовали семинария, духовное училище, 3 православные гимназии, 4 православных детских сада, велась широкая социальная и просветительская работа, церковными хорами епархии руководили 80 профессиональных регентов; клир епархии состоял из 200 священников, 12 диаконов, около 50 монахов и монахинь[165].
Первосвятительский визит в Смоленск. 2009 г.
Свой первый после патриаршей интронизации первосвятительский визит Владыка совершил в Смоленскую и Калининградскую епархию. Накануне этого визита ему было присвоено звание почетного гражданина Смоленской и Калининградской областей (ранее, в 2003 году, он получил титул почетного гражданина Смоленска, а в 2006 году — Калининграда). В интервью телеканалу РТР Патриарх Кирилл сказал о своем служении на Смоленщине:
Подводя итог 23 годам служения на калининградской земле, митрополит Кирилл сказал в интервью местной телекомпании:
Митрополит Кирилл — председатель ОВЦС