Преподавание «Основ православной культуры» поставило новые задачи перед системой духовного образования Русской Православной Церкви. Выступая в начале 2006 года на XIV Международных Рождественских чтениях, митрополит Кирилл говорил о необходимости не просто повысить уровень преподавания в семинариях и академиях, но превратить духовную школу в источник общенационального знания, способного вести диалог по актуальным проблемам современной жизни:
От Церкви же требуется активная воспитательная работа, которая должна проводиться вне зависимости от того, помогает ли в ней государство или нет, противодействуют ли ей атеисты или нет. Миссия Церкви в отношении молодежи и детей остается неизменной в любую эпоху:
Укрепление внутреннего единства Русской Православной Церкви в 1990–2008 годах
Одной из главных забот митрополита Кирилла в качестве председателя ОВЦС стало укрепление внутреннего единства многонациональной Русской Православной Церкви. Это потребовало значительной интенсификации церковно-дипломатических усилий по линии межправославных контактов, а также широкого взаимодействия с властями стран, входящих в каноническую юрисдикцию Московского Патриархата.
Труды по восстановлению Китайской Автономной Православной Церкви
В 1992 году исполнилось 35 лет с того дня, когда Русская Православная Церковь даровала автономию Китайской Православной Церкви. В годы «культурной революции» эта Церковь была почти полностью уничтожена.
В 1993 году митрополит Кирилл во главе делегации Русской Православной Церкви посетил Китай, вскоре состоялся ответный визит китайской церковной делегации во главе со священником Григорием Чжу. Так начался многолетний труд по восстановлению Православия в Китае. 31 января 1994 года вступило в силу «Положение о регулировании религиозной деятельности иностранных граждан на территории КНР», позволяющее иностранным священнослужителям
В 1996 году настоятель харбинского прихода Китайской Автономной Православной Церкви (КАПЦ) священник Григорий Чжу получил из Московской Патриархии миро и антиминс. В феврале 1997 года Священный Синод по докладу митрополита Кирилла поручил ему решение
Тогда же митрополит Кирилл сформулировал принципиальный подход Русской Православной Церкви к возрождению Православия в Китае:
Интерьер храма св. апп. Петра и Павла, Гонконг
2 июня 1999 года митрополит Кирилл принял в ОВЦС делегацию Центра по изучению христианства Академии общественных наук КНР, в беседе с которой обсуждались современное положение Китайской Автономной Православной Церкви и расширение контактов Русской Православной Церкви с научными, культурными и деловыми организациями КНР.
Храм Успения Пресвятой Богородицы, Пекин
В начале 2000-х годов Русская Православная Церковь приступила к системному возрождению КАПЦ: по решению Священного Синода от 27 декабря 2000 года временное попечение о пастве КАПЦ в автономном районе КНР Внутренняя Монголия было возложено на епископа Читинского и Забайкальского, действовавшего в координации с ОВЦС. Непростые переговоры о православных общинах в Китае вел митрополит Кирилл во время визитов в КНР в 2001, 2002 и 2003 годах. В 2008 году был восстановлен православный приход в Гонконге.
Храм Покрова Пресвятой Богородицы, Харбин
Реконструированный собор Свт. Николая, Харбин
В течение периода своего пребывания в должности председателя ОВЦС митрополит Кирилл неоднократно встречался с государственными чиновниками, ответственными за религиозные вопросы, добиваясь разрешения на возобновление деятельности Китайской Православной Церкви. Однако сдвинуть вопрос с мертвой точки оказалось нелегко ввиду сопротивления китайских властей. В 2007 году, выступая на конференции, посвященной 50-летию автономии Китайской Православной Церкви, митрополит Кирилл констатировал:
Как отметил митрополит,
Работа Русской Православной Церкви по восстановлению Православия в Китае сталкивалась как с трудностями правового и административного характера, так и с межцерковными проблемами: в январе 2008 года свои права на Китай заявил Константинопольский Патриархат, включив в юрисдикцию учрежденной в 1996 году митрополии Гонконга КНР и ряд государств Юго-Восточной Азии.
В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви по этому вопросу вновь было сказано, что, поскольку в настоящее время КАПЦ не имеет своего Предстоятеля, впредь до его избрания Поместным Собором этой Церкви в соответствии с православными канонами управление епархиями КАПЦ осуществляется Предстоятелем Матери-Церкви — Патриархом Московским и всея Руси.
Попечение о Японской Автономной Православной Церкви