В октябре 2007 года Синод Румынской Церкви заявил об открытии на территории Молдавии в составе так называемой Бессарабской митрополии Румынского Патриархата трех епархий с центрами в городах Бельцы, Кантемир и Дубоссары. В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви от 7 ноября 2007 года был выражен решительный протест против вторжения Румынской Церкви в канонические пределы Московского Патриархата. Русская Православная Церковь призвала Священный Синод Румынской Церкви отменить принятые им постановления, разрушающие наметившиеся перспективы сотрудничества двух Патриархатов и влекущие за собой хаос в мировой православной семье.
В ноябре 2007 года в Болгарии состоялись переговоры делегаций двух Церквей, завершившиеся безрезультатно. В июле 2008 года группа из 44 священников «Бессарабской митрополии» во главе с одним из инициаторов раскола протоиереем Петром Бубурузом отказалась подчиняться Петру (Пэдурару). На специальном собрании клирики утвердили обращение к Румынскому Патриарху Даниилу с просьбой принять их в свое прямое подчинение. Так образовался раскол внутри раскола.
В течение всего периода между 1992 и 2008 годами митрополит Кирилл как председатель ОВЦС прилагал многообразные усилия с целью добиться сдвигов в решении проблемы «Бессарабской митрополии». В докладе на Поместном Соборе 2009 года митрополит Кирилл подчеркнул, что Русская Церковь продолжает надеяться на урегулирование церковной ситуации в Молдавии:
«Эстонский вопрос»
В 1995–1996 годах серьезно осложнились отношения Московского Патриархата с Константинополем вследствие некоторых действий, предпринятых Константинополем в одностороннем порядке и затрагивавших интересы Русской Церкви.
Церковный кризис в Эстонии начался в 1992 году как внутренний конфликт, инспирированный националистическими кругами во власти и отчасти небольшой группой эстонского духовенства. Казалось, что предоставление Православной Церкви в Эстонии автономии в составе Русской Православной Церкви сможет разрешить конфликтную ситуацию.
Эстонские раскольники, использовавшие тот же политический тезис, что и на Украине: «суверенному государству — независимую Церковь», ни по своему числу (в учредительном собрании раскольнической группы в апреле 1993 года участвовали пять клириков Эстонской Православной Церкви), ни по своему минимальному влиянию на паству, казалось, не представляли реальной угрозы единству Православия в Эстонии. Полномасштабный эстонский церковный кризис, затронувший все Православные Поместные Церкви, разразился тогда, когда раскольники приобрели себе сильных покровителей в лице государственной власти и Константинопольского Патриарха.
Православная Церковь в Эстонии прошла сложный исторический путь. Православие было принесено в Эстонию русскими миссионерами. Уже в начале XI века в Юрьеве (Тарту) были русские поселения, имевшие постоянные связи с Новгородом и Псковом. С этого времени на эстонской земле строились православные храмы, прихожанами которых были как эсты, так и русские. С XVI века в Эстонии существовали епархии Русской Православной Церкви. В 1920 году, после провозглашения государственной независимости Эстонии, постановлением Святейшего Патриарха Тихона Православной Церкви в Эстонии были предоставлены права автономии.
Александро-Невский собор в Таллине
В 1923 году, ссылаясь на тяжелое положение Православия в России, без ведома и согласия Русской Православной Церкви Константинопольский Патриарх Мелетий издал томос о включении Православной Церкви в Эстонии в состав Константинопольского Патриархата в качестве «отдельного церковного округа». Спустя 17 лет решением Собора Эстонской Апостольской Православной Церкви была восстановлена каноническая связь Эстонской Церкви с Московским Патриархатом. В 1947 году эстонскими эмигрантами в Стокгольме был образован так называемый «Синод Эстонской Апостольской Православной Церкви в изгнании». Находясь за границей, «Синод» не имел никакого общения с православными в Эстонии. В 1978 году Патриарх Константинопольский Димитрий I, исходя из исторической и канонической справедливости, отменил томос Патриарха Мелетия, оставив в своем подчинении эстонские приходы, находившиеся вне пределов Эстонии, и подтвердив реальное положение вещей: Православная Церковь в Эстонии является неотъемлемой частью Русской Православной Церкви.
После восстановления в 1990 году независимости Эстонского государства по просьбе Собора Эстонской Апостольской Православной Церкви Московский Патриархат восстановил ее автономный статус. Однако ей было отказано в государственной регистрации ввиду того, что под этим именем властями был зарегистрирован «Стокгольмский синод».
В начале 90-х годов XX века раскольники, возглавляемые клириком Константинопольского Патриархата протоиереем Николаем Суурсеетом, действуя в согласии с правительством Эстонии, объявили томос 1978 года недействительным. Обращения законного епископа Таллинского и всея Эстонии Корнилия к Константинопольскому Патриарху Варфоломею I, к президенту и министрам Эстонии оставались без ответа. Власти Эстонии признали наследниками церковного имущества и всех прав исторической Церкви группу раскольников, каноническая Церковь оказалась лишенной своих законных прав и имущества. Осенью 1994 года власти Эстонии начали серию обращений к Константинопольскому Патриарху Варфоломею I с просьбой поддержать их курс на силовой отрыв Эстонского Православия от Московского Патриархата.
В этих условиях 5 октября 1994 года Священный Синод Русской Православной Церкви поручил митрополиту Кириллу вступить в переговоры с Константинопольским Патриархатом. В ноябре митрополит Кирилл во главе делегации Русской Православной Церкви встретился с Патриархом Варфоломеем I, но удалось добиться лишь решения о более внимательном изучении положения дел в Эстонии специальной делегацией Константинопольского Патриархата.
Митрополит Таллинский Корнилий (Якобс)
Митрополит Кирилл срочно приехал в Эстонию, где провел ряд встреч со всеми участниками конфликта, в том числе с министром внутренних дел Эстонии Х. Арике, однако столкнулся с полным отсутствием воли властей к поиску мирного решения конфликта. После визита константинопольской делегации в феврале 1995 года в Эстонию (осуществленного без согласования с Русской Православной Церковью) начались сложные переговоры в Москве.
И Патриарх Алексий II, уроженец Эстонии, прослуживший в ней в общей сложности почти 50 лет, и митрополит Кирилл, ясно представлявший себе религиозную и политическую обстановку в Эстонии, попытались донести до представителей Константинопольского Патриархата очевидное — поддержка Константинополем неправомерных устремлений эстонских властей лишь ухудшит ситуацию, нарушит принципы братского мира среди Православных Поместных Церквей, создаст крайне опасный прецедент межцерковного «рейдерства». Достичь взаимопонимания на переговорах не удалось. 29 мая 1995 года, во время визита в Финляндию, Патриарх Варфоломей обратился к православным Эстонии как к
К концу 1995 года напряжение в «эстонском конфликте» достигло предела, в связи с чем 3 января 1996 года митрополит Кирилл вновь посетил Стамбул, желая предотвратить худший сценарий развития событий — разрыв отношений между Русской и Константинопольской Церквами. Основываясь на решениях Поместного Собора Эстонской Апостольской Православной Церкви (ЭАПЦ) от 17 ноября 1993 года, митрополит Кирилл внес ряд компромиссных предложений, предусматривавших определенные шаги навстречу тем, кто желал бы перейти в юрисдикцию Константинопольского Патриархата.
Предложенный план подразумевал, что Эстонская Апостольская Православная Церковь, возглавляемая архиепископом Корнилием, регистрируется в полном составе как правопреемница исторической Эстонской Церкви; после регистрации все приходы получают возможность самоопределения в выборе юрисдикции; процесс перехода общин, изъявивших желание войти в Константинопольский Патриархат, должен осуществляться, согласно каноническим нормам, после двустороннего соглашения Московского и Константинопольского Патриархатов.
Удалось достичь согласия лишь в том, что все православные приходы в Эстонии независимо от их канонического самоопределения должны быть зарегистрированы как правопреемники соответствующих довоенных приходов со всеми вытекающими имущественными последствиями. Предполагалось продолжить переговоры в феврале. Однако уже на следующий день, вопреки достигнутым соглашениям, Константинопольский Патриархат объявил о своих намерениях
Митрополит Кирилл отозвался заявлением от 17 января 1996 года, в котором выразил энергичный протест Русской Церкви: