В мае — июне 1995 года состоялся визит главы Японской Автономной Православной Церкви митрополита Токийского Феодосия в Москву. Митрополит Кирилл на встречах с ним подробно обсудил положение Японской Церкви и ее насущные проблемы[232].
После кончины митрополита Феодосия (7 мая 1999 года) остро встал вопрос о замещении вдовствующей Токийской кафедры. 14–15 июня 1999 года на совещании клира Японской Церкви было принято решение представить Патриарху Алексию II и Священному Синоду Русской Православной Церкви троих кандидатов для хиротонии в епископы — вдовствующих протоиереев Кирилла Арихара и Иуду Нусиро, целибатного священника Андрея Цудзиэ.
В июле 1999 года на внеочередном Поместном Соборе Японской Церкви, в котором принял участие заместитель митрополита Кирилла архиепископ Калужский и Боровский Климент, было решено представить Священному Синоду всех троих кандидатов. В августе 1999 года избранные кандидаты были приглашены в Россию, где в течение месяца знакомились с жизнью Русской Православной Церкви, ее епархий и монастырей.
Собор Воскресения Христова в Токио («Николай-до»)
20 августа 1999 года в Троице-Сергиевой лавре был совершен монашеский постриг протоиерея Кирилла с именем Петр, протоиерея Иуды с именем Даниил, священника Андрея с именем Серафим. В сентябре кандидаты были возведены в сан игумена. 6 сентября решением Священного Синода игумену Петру определено быть епископом Иокогамским, викарием Токийской епархии, с поручением временного управления Токийской епархией, игумену Даниилу — епископом Киотским, 28 декабря на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви игумену Серафиму определено быть епископом Сендайским.
Во время визита Святейшего Патриарха Алексия II в Японию. Май000 г.
Интронизация митрополита Даниила. Токио, 14 мая 2000 г
9 октября 1999 года в Большом соборе в честь Донской иконы Божией Матери в Донском монастыре состоялась хиротония епископа Петра. 14 ноября в Богоявленском соборе Москвы состоялась хиротония епископа Даниила. 4–5 марта 2000 года митрополит Кирилл принял участие в чрезвычайном Поместном Соборе Японской Автономной Православной Церкви, избравшем епископа Петра (Арихару) новым Предстоятелем Японской Церкви.
Однако в связи с быстро развивавшимся онкологическим заболеванием епископ Петр уже в апреле направил Патриарху Алексию II послание с просьбой об отставке с должности Предстоятеля. В ответном послании от 24 апреля 2000 года Патриарх с глубоким сожалением принял отставку и благословил созыв Внеочередного Поместного Собора Японской Церкви. 10 мая 2000 года епископ Петр скончался.
Собор состоялся 14 мая 2000 года и избрал новым Предстоятелем Японской Церкви епископа Даниила. В эти переломные для Японской Церкви дни состоялся первосвятительский визит в Японию Патриарха Алексия II в сопровождении митрополита Кирилла.
Патриарх Алексий II возглавил интронизацию митрополита Даниила 14 мая 2000 года в Токийском кафедральном соборе; состоялись встречи с императором Японии, премьер-министром и министром иностранных дел, на которых обсуждалась деятельность Японской Православной Церкви.
12 сентября 2008 года в Токио митрополит Кирилл совершил освящение новопостроенного храма во имя святого благоверного князя Александра Невского. В ходе визита в Японию состоялась встреча Владыки с митрополитом Токийским и всей Японии Даниилом, на которой обсуждались актуальные вопросы жизни Японской Автономной Православной Церкви и перспективы развития Православия в Японии.
Положение Православной Церкви в Молдове
В декабре 1992 года Румынский Патриархат создал на территории Молдавии так называемую Бессарабскую митрополию во главе с покинувшим юрисдикцию Московского Патриархата и запрещенным в служении епископом Петром (Пэдурару). В состав митрополии вошли все территории, входившие в состав Румынии в период между Первой и Второй мировыми войнами, включая Молдову и некоторые приграничные районы Украины. Одновременно в Сербию был направлен «румынский епископ над валахами». Эти события вызвали серьезный кризис во взаимоотношениях между, с одной стороны, Румынским Патриархатом, а с другой — Московским и Сербским Патриархатами.
В результате образования Бессарабской митрополии православная община Молдавии оказалась расколотой на две соперничающие юрисдикции. Правда, абсолютное большинство клира и верующих (более 1000 приходов) остались в юрисдикции Московского Патриархата; раскольникам удалось взять в свои руки лишь около 100 приходов.
Собор Св. Владимира в Кишиневе
В октябре 1994 года митрополит Кирилл совершил поездку в Молдавию, где встретился и обсудил сложившуюся ситуацию с митрополитом Кишиневским Владимиром (Кантаряном) и президентом Молдавии М. И. Снегуром. Митрополиту Кириллу удалось консолидировать позиции законной церковной и светской властей. Архиерейский Собор 1994 года даровал Православной Церкви в Молдавии самостоятельность во внутренних делах. Было утверждено и решение Священного Синода о запрещении в священнослужении Петра (Пэдурару) за создание незаконных церковных структур на территории Московского Патриархата.
В феврале 1997 года в Женеве прошла рабочая встреча делегаций Русской Православной Церкви и Румынской Православной Церкви по вопросу о ситуации, сложившейся в Молдавии, встречи были продолжены в июне и сентябре в Граце и Женеве. 15 января 1999 года завершающие переговоры по проблемам, связанным с присутствием юрисдикции Румынского Патриархата на территории Молдавии, прошли в Кишиневе. Митрополит Кирилл, возглавлявший делегацию РПЦ, отмечал, что удалось достичь понимания, что необходим поиск решений, позволяющих перейти от конфронтации и вражды к примирению и сотрудничеству, к поиску взаимоприемлемого решения канонических вопросов. Как первый шаг на этом пути Священный Синод по представлению митрополита Кирилла заявил о готовности снять прещение с епископа Петра (Пэдурару), увязав это с решением вопроса о ситуации в Молдавии в целом. В докладе Патриарха Алексия II на Архиерейском юбилейном Соборе 2000 года была сформулирована
Митрополит Кишиневский Владимир (Кантарян)
В 2002 году переговорный процесс между Московским и Румынским Патриархатами был фактически прерван: в июне Бессарабская митрополия под давлением Страсбургского суда по правам человека была официально зарегистрирована властями Молдавии. В августе митрополит Кирилл, посещая Молдавию, расценил это деяние светского суда как