Русская Православная Церковь предлагала продолжить поиски мирного разрешения конфликта, Константинопольский Патриархат уклонялся от переговоров. Известив глав всех Православных Церквей о сложившейся ситуации, Русская Православная Церковь еще и еще раз в лице своего Предстоятеля обращалась к Патриарху Варфоломею, взывая к его архипастырской ответственности.
Все оказалось напрасно. 20 февраля 1996 года Патриарх Варфоломей подписал «Патриарший и синодальный акт о возобновлении действия Патриаршего и синодального томоса от 1923 года об Эстонской православной митрополии». В этом документе законными преемниками Эстонской Апостольской Православной Церкви названы
23 февраля 1996 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил:
23 февраля Патриарх Алексий II, совершавший богослужение в Богоявленском соборе, опустил имя Патриарха Варфоломея при поминовении глав Поместных Православных Церквей.
Перед митрополитом Кириллом и ОВЦС встала задача незамедлительно разъяснить главам других Поместных Православных Церквей истинные причины межправославного кризиса. 8–9 марта 1996 года митрополит Кирилл находился в Сирии для переговоров с Антиохийским Патриархом Игнатием, 9–10 марта — в Израиле, где он встретился с Иерусалимским Патриархом Диодором. Заместитель Владыки Кирилла архиепископ Калужский и Боровский Климент 11–12 марта провел встречи в Болгарии, 12–13 марта — в Польше. Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий 8–10 марта посетил Сербскую Православную Церковь. Митрополит Кирилл продолжил консультации и с константинопольской стороной: 10–13 марта в Швейцарии он провел переговоры с представителями Константинопольской Патриархии.
Необходимо было искать путь к компромиссу ради сохранения единства мирового Православия, которому односторонними действиями Константинопольского Патриархата был нанесен тяжелый урон. 3 и 22 апреля 1996 года в Цюрихе состоялись переговоры по эстонскому вопросу, на которых были выработаны предложения, одобренные Синодами Русской и Константинопольской Церквей 16 мая 1996 года.
Также переговоры состоялись в Таллине с 21 по 23 августа 1996 года. Делегацию Русской Церкви возглавлял митрополит Кирилл, делегацию Константинопольского Патриархата — митрополит Пергамский Иоанн (Зизиулас). Стороны решили вопрос о канонической принадлежности православных приходов в Эстонии и составили списки приходов, входящих в юрисдикцию Вселенского Патриархата, и приходов, принадлежащих Московскому Патриархату. Православным клирикам и мирянам Эстонской Апостольской Православной Церкви предоставлялась свобода выбора юрисдикционной принадлежности. Не определившимся в своем выборе приходам предоставлялся четырехмесячный срок для принятия решения. Константинопольский Патриархат приостановил на это время исполнение своего постановления от 20 февраля 1996 года о возобновлении действия томоса 1923 года.
На этих условиях восстанавливалось прерванное ранее общение между двумя Патриархатами. Сохранялась надежда, что это с трудом достигнутое решение, на которое Русская Православная Церковь пошла по крайнему снисхождению и лишь ради предотвращения раскола всемирной православной семьи, будет реализовано и положит конец противостоянию в Эстонии. Однако в течение двух последующих лет, несмотря на постоянные напоминания, письменные и на переговорах, Константинопольский Патриархат всячески затягивал окончательное выполнение своей части обязательств.
Вслед за проблемами определения юрисдикционной принадлежности приходов стал актуальным вопрос о порядке регистрации учреждений Московского и Константинопольского Патриархатов в Эстонии. В 1997 году состоялись встречи митрополита Кирилла с министром внутренних дел Эстонии Р. Лепиксоном, в ходе которых министр высказался в пользу скорейшей регистрации церковной структуры Московского Патриархата в Эстонии. Необходимость этого была обусловлена подготовкой к принятию нового закона, согласно которому все религиозные организации Эстонии должны были пройти перерегистрацию в МВД.
Однако представители эстонского правительства предлагали самоуправляемой Эстонской Православной Церкви в составе Московского Патриархата регистрироваться в качестве епархии, представляющей подразделение иностранной религиозной организации и не могущей претендовать на правопреемство по отношению к довоенной Эстонской Апостольской Православной Церкви, что фактически означало бы отказ от прав на историческое церковное имущество. Главным препятствием для справедливого разрешения этого вопроса власти Эстонии называли позицию Константинопольского Патриархата.
28 марта 2000 года в Женеве вновь состоялись переговоры между делегациями Московского и Константинопольского Патриархатов. Делегация Русской Церкви, которую возглавлял митрополит Кирилл, выдвинула предложение решить проблему, заключив юридическое соглашение между двумя параллельными церковными структурами в Эстонии, предусматривающее право собственности на
Делегация Русской Православной Церкви отвергла это условие, справедливо считая, что так и не реализованные в полной мере цюрихские договоренности 1996 года на данном этапе представляют собой предельный возможный церковный компромисс. При этом Константинопольский Патриархат, заявляя, что осложнение в решении имущественного вопроса
Юбилейный Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 2000 года констатировал, что эстонский кризис остается неурегулированным в связи с неисполнением константинопольской стороной соглашений двух Церквей, достигнутых в мае 1996 года в Цюрихе, о предоставлении одинаковых прав, включая права на историческое церковное имущество, для всех православных в Эстонии.
Конец 2000 года ознаменовался новым витком эстонского кризиса, вызванным визитом Патриарха Варфоломея в Эстонию 26 октября — 1 ноября 2000 года. Русская Церковь не была уведомлена об этом посещении. И все же ОВЦС Московского Патриархата предпринял все усилия, чтобы использовать и этот случай для уврачевания четырехлетнего конфликта. Представителям двух православных юрисдикций в Эстонии было предложено издать в соответствии с достигнутыми в Цюрихе договоренностями совместную декларацию о восстановлении одинаковых прав для всех православных приходов, в том числе на историческое церковное имущество. Эти предложения были представлены митрополитом Кириллом на переговорах с константинопольской делегацией во главе с митрополитом Мелитоном в Москве 20 октября 2000 года.
Однако константинопольская сторона отказалась от предложенных инициатив. Более того, в ходе визита Патриарх Варфоломей и члены константинопольской делегации неоднократно заявляли, что договоренности между двумя Церквами относительно церковного положения в Эстонии, заключенные в Цюрихе в 1996 году, нельзя толковать как
К концу 2000 года стало очевидно, что Константинопольский Патриархат, пренебрегая договоренностями, достигнутыми в Цюрихе в 1996 году, осуществляет наступление на права Московского Патриархата и стремится вытеснить его из Эстонии. В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви от 8 ноября 2000 года в связи с положением в Эстонии было отмечено, что
Русская Церковь отказалась от участия в проходившей в Стамбуле 25–26 декабря 2000 года встрече глав и представителей Поместных Православных Церквей, в которой наряду с Патриархом Варфоломеем принял участие и митрополит Стефан, а затем обратилась к главам Поместных Православных Церквей с просьбой дать оценку действиям Константинополя в Эстонии. Ответные послания предстоятелей Александрийской, Антиохийской, Грузинской, Сербской, Румынской, Болгарской и Польской Православных Церквей не содержали поддержки позиции Константинопольского Патриархата. В них была выражена надежда, что эстонский церковный вопрос получит свое разрешение в ходе двусторонних переговоров Константинопольского и Московского Патриархатов.
Позиция братских Православных Церквей помогла в продолжении переговорного процесса. Очередным его этапом стали встречи делегаций Московского и Константинопольского Патриархатов в 2001 году: в Вене 16 января и в Берлине 19 февраля. По инициативе митрополита Кирилла участники переговоров обратились к Священным Синодам обоих Патриархатов с предложением призвать иерархов двух православных юрисдикций в Эстонии заключить соглашение о прекращении имущественных споров, в соответствии с которым каждая из церковных структур получит права собственности на фактически используемое ею церковное имущество.
Проект этого соглашения был одобрен на встрече в Берлине. Соглашение, текст которого был подготовлен для подписания митрополитами Корнилием и Стефаном, предусматривало, что структура, состоящая в юрисдикции Константинопольского Патриархата,
Подписание этого документа и воплощение в жизнь провозглашенных в нем намерений могло поставить точку в затянувшемся межцерковном конфликте. Московский Патриархат незамедлительно одобрил берлинский проект на ближайшем заседании Синода 22 февраля 2001 года. Содержательного ответа из Константинополя пришлось ждать более двух лет. 19–20 апреля 2001 года в Цюрихе главы делегаций двух Церквей митрополит Кирилл и митрополит Филадельфийский Мелитон подписали коммюнике, подтверждавшее желание сторон