30 сентября — 1 октября 1998 года в Софии под председательством Константинопольского Патриарха Варфоломея состоялось Межправославное совещание, созванное по просьбе Патриарха Максима. На заседаниях помимо Патриархов присутствовали митрополиты, епископы и клирики Болгарской Православной Церкви, Предстоятели и представители других Поместных Православных Церквей.
Представители раскольников явились на заседание, чтобы просить о прощении. Они признали Патриарха Максима единственным законным главой Болгарской Православной Церкви и отказались от полученных ими в расколе архиерейских назначений. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II подчеркивал в выступлениях на Соборе, что представители всех Поместных Православных Церквей собрались в Софии, чтобы поддержать Патриарха Максима и руководимую им законную Болгарскую Церковь.
Особые братские отношения в непростые годы, осложненные политическим и даже военным противостоянием, удалось сохранить с Грузинской Православной Церковью. Русская Церковь неизменно подтверждала и свою позицию по вопросу о канонической территории Грузинской Церкви в отношении Абхазии и Южной Осетии и свою готовность
Официальный визит Патриарха Алексия II в Югославию. 1994 г.
С самых первых дней югославского кризиса Русская Православная Церковь поддерживала сербский народ и Сербскую Православную Церковь. Сепаратистские войны, шедшие на территории Югославии при поддержке США и НАТО, приносили, как сказано в заявлении Патриарха Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви от 12 мая 1993 года,
Митрополит Кирилл прилагал много сил для консолидации позиций религиозных лидеров в России и за рубежом в отношении войны в Югославии. Заявления с протестами против бомбардировок сербских городов и сел были приняты Межрелигиозным советом России, Христианским межконфессиональным консультативным комитетом стран СНГ и Балтии.
5 мая 1999 года в ОВЦС состоялась встреча, в которой участвовал митрополит Кирилл, директор Офиса по экуменическим связям и служению за рубежом Евангелической Церкви в Германии епископ Рольф Коппе, генеральный секретарь Конференции европейских церквей Кит Клементс, президент диаконической службы Германии, вице-президент «Евродиаконии» пастор Юрген Годе.
Одним из итогов московской встречи стало образование неформальной Международной христианской миротворческой группы по Югославии, на первом заседании 18 мая 1999 года в Вене были согласованы основные позиции по мирному разрешению кризиса в Югославии. 27 мая 1999 года митрополит Кирилл и три члена неформальной Международной христианской миротворческой группы посетили Белград, где встретились с президентом Югославии С. Милошевичем, Патриархом Сербским Павлом и членами Синода Сербской Православной Церкви, а также со специальным представителем президента РФ по урегулированию ситуации вокруг Югославии В. С. Черномырдиным. В храмах Москвы и в других епархиях Русской Православной Церкви шел сбор средств в помощь беженцам из Косова. В июле 1999 года, после доклада митрополита Кирилла о ситуации в Косове, было издано воззвание Священного Синода Русской Православной Церкви.
В ноябре 1999 года митрополит Кирилл выступил с докладом на Межхристианской конференции в Норвегии «Европа после Косовского кризиса: Дальнейшие действия Церквей». Он сформулировал ответ на самый острый вызов нового глобального мироустройства, при котором государственные границы и суверенитет уже не останавливают правительства наиболее экономически и технологически сильных стран от вмешательства в судьбы иных народов:
Еще один урок, который косовские события дали христианскому сообществу, — урок солидарности и настойчивости.
Патриарх Алексий II и митрополит Кирилл на встрече с президентом Югославии В. Коштуницей. Москва. 27 сентября 2000 г.
В декабре 1999 года при участии ОВЦС и под эгидой международной христианской организации «Церкви в совместном действии» начался первый этап разработанной Русской Православной Церковью при участии Сербской Православной Церкви и международных христианских организаций программы помощи вынужденным переселенцам в Сербии: переселенцы, находившиеся в организованных Сербской Православной Церковью лагерях около Белграда, начали получать продукты питания.
Совместно с правительством Швейцарии и МЧС России ОВЦС подготовил программу по оказанию гуманитарной помощи населению Югославии «Лазарь», но она на последнем этапе не нашла поддержки у югославского правительства. 7 марта 2000 года Священный Синод поручил ОВЦС координацию со стороны Русской Православной Церкви всех межцерковных программ помощи вынужденным переселенцам в Сербии.
В ноябре 2000 года митрополит Кирилл во время визита в Югославию встречался с Патриархом Павлом и членами Синода Сербской Православной Церкви, был принят президентом Югославии В. Коштуницей. Главной темой переговоров были вопросы развития диалога и сотрудничества между Россией и Югославией при активном участии двух Поместных Православных Церквей.
В эти же дни митрополит Кирилл писал:
Митрополит Кирилл назвал
В марте 2004 года в ходе антисербских этнических чисток в Косове погибли десятки людей, тысячи были депортированы, были сожжены и разрушены многие православные храмы. В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви, принятом по докладу митрополита Кирилла, говорилось, что
В этот период особую важность приобрел вопрос о статусе территории Косова и Метохии — он обсуждался в ноябре 2005 года на встрече Патриарха Алексия II и митрополита Кирилла с президентом Сербии Б. Тадичем и 27 февраля — 3 марта 2006 года на встрече с делегацией Сербской Церкви. На Архиерейском Соборе 2013 года Патриарх Кирилл, охарактеризовав положение православных сербов в Косове и Метохии как
Православная Церковь в Америке, которой в 1970 году Русская Церковь даровала автокефалию и которая с тех пор по инициативе Константинопольского Патриархата и ряда других греческих Церквей оказалась в искусственной изоляции, все эти годы получала поддержку Русской Церкви.
Патриарх Алексий II и митрополит Кирилл во время визита в США. Сентябрь 1993 г.