В начале 1996 года боевики захватили в Чечне протоиерея Сергия Жигулина (заведующего сектором ОВЦС по межрелигиозным связям) и священника Анатолия Чистоусова (настоятеля храма во имя Архистратига Михаила в Грозном). Борьба за их спасение стала важнейшим делом митрополита Кирилла: помимо заявлений Патриарха и Синода, визита в Северокавказский регион делегации во главе с Патриархом Алексием II, в котором участвовал и Владыка Кирилл, велись напряженные официальные и неофициальные переговоры с властями РФ. Протоиерей Сергий был освобожден, священник Анатолий погиб в плену.
Во время второй чеченской операции в 1999 году сепаратисты вновь захватили в заложники священнослужителей Русской Православной Церкви (в Ингушетии были захвачены протоиереи Петр Макаров и Петр Сухоносов). После доклада митрополита Кирилла об этом событии на заседании Священного Синода 31 марта 1999 года Синод принял жесткое заявление, подготовленное митрополитом, в котором говорилось:
7 марта 2000 года Священный Синод принял заявление уже в связи с завершающей стадией антитеррористической операции в Чечне. Необходимо уважать традиционный для этого региона образ жизни, предписанный исламом; при этом
Протоиерей Петр Сухоносов
Особое внимание председатель ОВЦС придавал развитию церковно-государственного взаимодействия в социальных вопросах. В феврале 1990 года архиепископ Кирилл докладывал Священному Синоду об установлении через ОВЦС взаимодействия Русской Православной Церкви с Министерством здравоохранения СССР по программе преодоления алкоголизма и наркомании. Вскоре архиерей подписал ряд документов, ставших первым опытом сотрудничества Церкви и государства в социальной сфере.
Брифинг после подписания совместного коммюнике между Русской Православной Церковью и Минздравом СССР. 1990 г.
Подписание совместного коммюнике между РПЦ и Минздравом СССР. 1990 г.
20 марта 1990 года была образована комиссия Священного Синода по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности, председателем которой стал архиепископ Кирилл. Он полагал, что
Особое внимание Владыка уделял самоорганизации православных мирян, всемерно поддерживая процессы объединения их в братства. 12 октября 1990 года под его председательством прошел Учредительный съезд Союза православных братств.
Еще одним направлением деятельности комиссии стала помощь пострадавшим от аварии на Чернобыльской атомной станции. Была организована общецерковная и епархиальная помощь пострадавшим. Тогда же Владыка Кирилл сформулировал общие принципы общественно значимой деятельности Русской Православной Церкви:
В докладе на заседании Священного Синода 25 октября 1990 года архиепископ Кирилл подчеркнул актуальность разработки концепции религиозно-нравственного воспитания и церковной благотворительности. Синод одобрил это предложение и поручил Владыке незамедлительно приступить к созданию такого документа (он был представлен уже летом 1991 года[454]). Также архиепископу Кириллу было поручено создание на базе синодальной Комиссии по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности
Спустя неполный год на основе деятельности комиссии по инициативе Владыки Кирилла был образован синодальный Отдел по церковной благотворительности и социальному служению, его первым председателем стал многолетний сотрудник ОВЦС архиепископ Солнечногорский Сергий. За короткое время своего существования синодальная Комиссия по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности успела провести несколько конференций, учредить первое православное братство трезвости «Отрада и утешение», братство Покрова Божией Матери, начала работу по созданию молодежного центра и центра православных женщин.
Просветительская деятельность была в центре внимания председателя ОВЦС. В 1991 году митрополит Кирилл основал журнал «Церковь и время» и оставался его главным редактором до избрания на Патриарший Престол. В журнале наряду с публикацией наиболее значимых документов по новой и новейшей церковной истории помещались статьи по богословию, аналитические материалы по актуальным вопросам внутрицерковной жизни и межцерковным отношениям, автором которых был митрополит Кирилл.
Заседание Священного Синода. 1990 г.
Пресс-конференция митрополита Кирилла в дни проведения Конгресса «Христианская свобода и независимость журналистики». Март 2000 г.
В 1997 году митрополит Кирилл основал силами Службы коммуникации ОВЦС первый официальный интернет-портал Русской Православной Церкви, который в течение восьми лет являлся единственным источником официальной информации о Церкви.
В 1990–2008 годах было издано около 700 статей, интервью и выступлений митрополита практически по всем отраслям современной жизни. Многолетний личный опыт миссионерской, журналистской и редакторской деятельности позволил Владыке Кириллу четко сформулировать задачи православных СМИ на I Конгрессе православной прессы в марте 2000 года и прояснить позицию Церкви во взаимоотношениях со светскими СМИ при создании «Основ социальной концепции».
В интервью 2001 года митрополит Кирилл так определил значение СМИ для церковной деятельности:
Особое внимание митрополит Кирилл уделял церковной и светской науке, образованию, сохранению культурного наследия и художественному творчеству. Продолжая библейские исследования, начатые в Ленинградской Духовной Академии, он совместно с Российской академией наук и шведским Институтом перевода Библии организовал в ноябре 1994 года Международную конференцию «Перевод Библии: Лингвистические, историко-культурные и богословские аспекты».
Темой конференции, прошедшей в следующем году в ОВЦС, была христианская миссия в XVIII–XX веках. Научные форумы, проведенные по инициативе митрополита в 1998 и 2000 годах, были посвящены соотношению веры и научного знания и путям развития православного богословия на рубеже тысячелетий. Владыка Кирилл участвовал в работе синодальных Библейской (с 1990 года) и Богословской (с 1994 года) комиссий, Комиссии при президенте РФ по государственным премиям в области литературы и искусства (с 1995 года), президиума Межрелигиозного Совета России (с 1998 года), Церковно-научного совета по изданию «Православной энциклопедии» (с 1999 года). В 1997 году митрополит Кирилл стал действительным членом профессионального литературного союза — Академии российской словесности (с 2007 года он — президент Академии).