В 2001 г. прошли торжества по случаю пятидесятилетия дарования автокефалии. Несмотря на Томос Константинопольского Патриарха 1998 г. Божественная Литургия и благодарственный молебен были совершены в кафедральном соборе во имя святых равноапостольных Кирилла и Мефодия 8 декабря 2001 г. В торжествах участвовали представители Русской Православной Церкви, посол России в Чехии.[331]
В послании Священного Синода Православной Церкви Чешских земель и Словакии говорилось, что «По живой вере многих добрых пастырей нашей Церкви… настал благословенный час, когда из рук Его Святейшества Алексия I, Патриарха Московского и всея России, Святая Русская Православная Церковь дала нам 50 лет назад автокефалию. Добрую веру нашей Церкви отметил и Его Святейшество Варфоломей I, архиепископ Константинополя, Нового Рима и Вселенский Патриарх, через которого нам дана автокефалия и от святой Церкви Константинополя. Этим была решена каноническая позиция нашей Церкви в диптихах по всему миру».[332]
Согласно переписи 2001 г. из 10 230 060 жителей Чешской республики, 3 288 088, то есть 32, 1 % заявили себя верующими, среди них 22 968 назвало себя православными. Из 5 379 455 жителей Словакии в это время верующими были, по их заявлению, 4 521 549, то есть 84, 1 %. Из них 50 363 назвались православными. Наиболее многочисленны они были в Прешовском крае (4 % населения), особенно в районах Медзилаборце (29 %), Снина (21, 1 %), Свидник (19, 8 %) и Кошицком крае (1, 8 % населения). Таким образом, по материалам переписи 2001 г. паства Православной Церкви Чешских земель и Словакии составляла 73 331 человек.[333] Четыре епархии Церкви объединяли 166 приходов со 187 храмов и 22 часовен. В Пражской епархии имелись 31 приход, 39 храмов и 10 часовен, Оломоуцко-Брненской — 30 приходов, 23 храма и 9 часовен, Прешовской — 79 приходов, 100 храмов и 3 часовни, Михаловской — 26 приходов, 25 храмов.
2 мая 2006 г. после кончины митрополита Николая Предстоятелем Церкви был избран Владыка Христофор (Пулец). Он родился в 1953 г. в Праге, где учился на Гусовском богословском факультете, в 1974 г. был рукоположен во диакона и священника, в 1979 г. окончил православный богословский факультет в Прешове и в 1984 г. экстерном — Московскую Духовную Академию. 7 сентября 1985 г. о. Христофор принял монашеский постриг в Троице-Сергиевой Лавре, на Пасху 1986 г. митрополит Дорофей возвел его в сан игумена, а в 1987 г. — в сан архимандрита. С 17 апреля 1988 г. Владыка Христофор служил епископом Оломоуцко-Брненским, а с 2000 г. — архиепископом Пражским. В декабре 2006 г. была отмечена 55-я годовщина автокефалии, мероприятия проходили в Русском культурном центре в Праге, на литургии в кафедральном соборе Кирилла и Мефодия сослужили митрополит Христофор и митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий.[334]
В 2006 г. архиепископом Прешовским стал Иоанн (Холонич). Оломоуцко-Брненский епархией с 2000 г. управлял чех с сербскими корнями епископ Симеон (Яковлевич), в прошлом викарий митрополита Дорофея. Епископом Михаловским в 2007 г. был избран чех Георгий (Странский).[335] В 2005 г. Православная Церковь Чешских земель и Словакии насчитывала 75 тыс. членов, 170 священнослужителей и 242 прихода, а в 2007 г. — 249 приходов (78 в Чехии и 171 в Словакии), окормляемых 197 священниками и диаконами.
В марте 2008 г. в Праге в арендуемом здании начала действовать воскресная общеприходская школа святой мученицы Людмилы Чешской, при которой была устроена и освящена церковь Трех Святителей — Василия Великого, Иоанна Златоуста и Григория Богослова. Многие иконы и книги для школы подарило издательство Московской Патриархии. С осени 2010 г. воскресная школа святой мученицы Людмилы Чешской размещалась в выставочном павильоне торгового представительства России.
7 июня 2008 г. в Праге на Вацловской площади состоялся Славянский форум, посвященный 160-летию проходившего на том же месте Первого Славянского съезда. В нем участвовали представители других Православных Церквей, в том числе Русской. 25 февраля 2009 г. в зале Церковных Соборов храма Христа Спасителя в Москве состоялось вручение митрополиту Христофору премии Международного фонда единства православных народов имени Патриарха Алексия II «За выдающуюся деятельность по укреплению единства православных народов. За утверждение и продвижение христианских ценностей в жизни общества». Владыка Христофор заявил, что свою премию он передает на строительство православного собора в Праге.[336]
В феврале 2009 г. Михаловская епархия была переименована в Михайловско-Кошицкую. 28 сентября 2013 г. был освящен кафедральный собор г. Кошице в честь Успения Пресвятой Богородицы и свт. Иоанна Милостивого, Патриарха Александрийского.
22 ноября 2009 г. состоялось десятилетие празднования подворья Православной Церкви Чешских земель и Словакии при храме во имя свт. Николая Чудотворца в Котельниках. В юбилейных торжествах участвовали Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, митрополит Христофор, архиепископ Волоколамский Иларион, епископы Комарненский Тихон и Годонинский Иоаким, представители чешского и словацкого посольств. После совершения Божественной литургии Патриарх Кирилл и митрополит Христофор освятили Поклонный крест, установленный трудами настоятеля храма протоиерея Алексия Ющенко, занимавшего этот пост в 2006–2013 гг.
30 сентября 2010 г. митрополит Чешских земель и Словакии Христофор и митрополит Волоколамский Иларион в память о святой мученице Людмиле совершили Божественную литургию в храме свт. Николая в Котельниках. В этот день на территории храма был воздвигнут Поклонный крест и установлена мемориальная плита с начертанными на ней именами упокоенных здесь членов семьи купцов Строгановых, покровителей русского искусства. 18 сентября 2012 г. на территории подворья был установлен памятник святой княгини Людмиле Чешской. 27 марта 2014 г. представителем Православной Церкви Чешских земель и Словакии при Патриархе Московском и всея Руси и настоятелем храма святителя Николая Мирликийского был назначен архимандрит Серафим (Шемятовский).
В 2011 г. исполнилось 60 лет дарования Московским Патриархатом канонической автокефалии Православной Церкви Чешских земель и Словакии. Святейший Патриарх Кирилл направил поздравительное послание ее Предстоятелю митрополиту Христофору, в котором отметил: «Возрождение святого Православия на территории Чешских земель и Словакии стало важным явлением в новейшей истории Восточной Европы, свидетельствующим о непреоборимой жизненной силе Православной веры, которую принесли на просторы Моравии великие просветители славянства. Проявляя заботу об укоренении отеческой веры в местах проповеди святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, Русская Православная Церковь благословила на автокефальное бытие благодатную продолжательницу их трудов, — Чехословацкую Православную Церковь, — которую ввела в семью Поместных Православных Церквей…».[337]
В конце года в Чехии и Словакии прошли торжества по случаю 60-летия автокефалии Церкви. По благословению Святейшего Патриарха Кирилла председатель Отдела внешних церковных связей митрополит Волоколамский и Юрьевский Иларион представлял Русскую Православную Церковь на состоявшихся в Прешове 7 декабря и в Праге 8–9 декабря 2011 г. юбилейных торжествах. 8 декабря 2011 г. литургия была отслужена в храме свт. Николая Мирликийского на Староместской площади в Праге. Митрополиту Христофору сослужили митрополит Иларион, представитель Польской Православной Церкви епископ Паисий, чешские и словацкие иерархи. Проповедь произнес профессор Милан Герка, который описал путь Православия в Чехии и Словакии к предоставлению автокефалии в 1951 г. и «высказал благодарность всем Церквам, которые участвовали в формировании и организации Православия на территории Чехии и Словакии — Церкви Константинопольской, Церкви Сербской и Русской Православной Церкви… сделал акцент на вкладе первого, единодушно избранного в 1951 году, митрополита Елевферия».[338] В этот же день митрополиты Христофор и Иларион встретились на приеме с главами государств России и Чехии — Президентом Республики Чехия В. Клаусом и Президентом Российской Федерации Д. А. Медведевым.
В январе 2012 г. митрополит Христофор принял участие в XX международных Рождественских чтениях в Москве. В том же году был открыт памятник святой мученице Людмиле Чешской на территории подворья Православной Церкви Чешских земель и Словакии при храме во имя свт. Николая Чудотворца в Котельниках.
В декабре 2011 г. Чешское статистическое управление опубликовало данные новой переписи, по которым количество людей, относящих себя к православным в Чехии, составляет 26 972 человека. Таким образом, по сравнению с 2001 г. произошел рост на 4 тысячи человек, тогда как другие традиционные для Чехии религии столкнулись с сокращением числа верующих.[339] Из всех традиционных религиозных объединений Чехии и Словакии Православная Церковь считается конфессией с самым быстрым ростом числа верующих.
При этом официальная статистика не показывает действительного числа православных в обеих странах. По ее собственным подсчетам Православная Церковь Чешских земель и Словакии насчитывает 170 тыс. верующих, многие из которых — иммигранты, прибывшие в основном из России и Украины: около 100 тыс. русских и украинцев, 50 тыс. словаков, 20 тыс. чехов. Церковь имеет 249 приходов, 5 мужских монастырей и 2 женских, 7 архиереев, около 200 священников и диаконов.
В Праге, помимо двух российских посольских церквей, действуют четыре православных храма: кафедральный собор свв. Кирилла и Мефодия, Успения Пресвятой Богородицы на Ольшанском кладбище, Благовещения Пресвятой Богородицы и свт. Николая Чудотворца в Профессорском доме, прихожанами которой являются в основном потомки представителей первой волны русской эмиграции. В Никольской церкви богослужения проводят в основном на церковнославянском языке, сохранились знаменные церковные распевы.[340] В 2011 г. Владыка Христофор освятил новую часовню на территории митрополичьей резиденции в Праге, приобретенной с помощью Московской Патриархии.
Исполнительный орган Церкви состоит из двух митрополичьих палат, в Чешской республике и в Словакии, которые включают иерархов и выборных представителей духовенства и мирян. Он управляется соответственно архиепископами Пражским и Прешовским. Церковь состоит из четырех епархий: Пражская архиепископия, Прешовская архиепископия, Оломоуцко-Брненская епархия и Михайловско-Кошицкая епархия.
В Прешове по-прежнему действует православный богословский факультет, 1 января 1997 г. включенный в состав местного университета. Он готовит специалистов по православному богословию, религии, этическому воспитанию и социальной работе. Факультет также имеет филиал в Оломоуце и включает семинарию для подготовки священников. Богословский факультет участвует в различных международных научных, социальных и культурных проектах, организует международные конференции и обмен студентами и преподавателями с иностранными университетами и институтами (с Россией, Украиной, Белоруссией, Румынией, Польшей, Грецией и другими странами). В настоящее время на магистратуре факультета насчитывается более 500 студентов. Образование, позволяющее получить диплом магистра православного богословия, дает также Гуситский теологический факультет Карлова университета в Праге.[341]
Издательский отдел Митрополичьего совета Словакии выпускает ежемесячный журнал на словацком и русинском языках — «Наследие свв. Кирилла и Мефодия» («Odkaz sv. Cyrila a Metoda»), Митрополичий совет Чехии издает на чешском языке журнал «Голос Православия» («Hlas pravoslavi»). В Прешове выходит ежегодник «Собрание православного богословия».
Две ассоциации православной молодежи обеих стран участвуют в деятельности Всемирного союза православной молодежи «Синдесмос», каждый год организуют молодежные лагеря, встречи и паломничества. Словацкая православная молодежь издает журнал «Истина». В 1998 г. молодыми богословами и добровольцами в Михаловце была основана Православная академия — информационно-образовательный, культурный и социально-вспомогательный центр.[342] Несмотря на небольшую численность прихожан, чешское и словацкое Православие развивается, и основу для развития оно получило в 1951 г.