2 марта Президиум Верховного Совета СССР разрешил епископу Иоанну принять чехословацкое гражданство с сохранением гражданства СССР. 17 мая 1956 г. Владыка был избран Предстоятелем Православной Чехословацкой Церкви, и занимал этот пост в сане митрополита до 1964 г. Он являлся доктором богословия honoris causa Прешовского богословского факультета. В 1965 г. митрополит Иоанн был уволен на покой, в дальнейшем проживал в Одессе, где и скончался 5 июня 1975 г.[317]
Последним архиереем Московского Патриархата, возглавившем в дальнейшем Чехословацкую Православную Церковь, служил митрополит Дорофей (в миру Дмитрий Георгиевич Филипп, 1913–1999), уроженец Закарпатья, в период его детства и юности, входившего в состав Чехословакии. Он окончил гимназию в г. Хусте, земледельческую школу и в 1938 г. поступил в Свято-Никольский монастырь с. Иза, где в 1939 г. принял монашеский постриг. 7 апреля 1940 г. о. Дорофей был рукоположен во диакона, в 1941 г. — во иерея и с 1942 г. служил на различных приходах Мукачевской епархии. В 1947 г. он был назначен благочинным Свято-Николаевского монастыря, в 1951–1955 гг. служил духовником Успенского женского монастыря в г. Мукачево, а с 1955 г. — благочинным монастырей Мукачевской и Ужгородской епархии. Отец Дорофей окончил Ленинградскую семинарию и Ленинградскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия, и 12 июня 1955 г. был хиротонисан Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием I во епископа Кременецкого.[318]
Через два месяца по просьбе митрополита Пражского и всея Чехословакии Еливферия Владыка Дорофей начал служение в Чехословацкой Православной Церкви. Он перешел в нее из Русской Церкви в связи с необходимостью занятия поста правящего архиерея Прешовской кафедры вместо епископа Алексия (Дехтерева). Вопрос о необходимости замены последнего встала в начале 1955 г. в связи с участившимися случаями перехода бывших униатов в католицизм. Обеспокоенное усилением Католической Церкви Словакии Государственное управление по церковным делам обвинило епископа Алексия в бездеятельности и поставило перед Министерством иностранных дел СССР вопрос о необходимости прислать из Закарпатья говорящего на словацком языке священнослужителя, который мог бы заменить прежнего архиерея.[319]
19 августа Совет Прешовской епархии избрал Владыку Дорофея епископом. Покинувший Чехословакию епископ Алексий (Дехтерев) 22 ноября 1955 г. был назначен на Виленскую и Литовскую кафедру и 25 июля 1957 г. возведен в сан архиепископа. Он скончался 19 апреля 1959 г. в Вильнюсе, где и был похоронен.[320] Помимо епископа Дорофея в Чехословакию был направлен благочинный приходов Московского Патриархата в Венгрии протоиерей Иоанн Кополович, назначенный генеральным викарием Прешовской епархии, 80 % духовенства которой тогда еще составляли бывшие греко-католические священники.
В середине 1950-х гг. произошла смена и других епархиальных архиереев. В 1954 г. епископом Оломоуцко-Брненским вместо Владыки Честмира (Крачмара), чей сан мешал карьере сына — коммуниста, стал бывший словацкий греко-католический священник Климент (в миру Николай Келли). В 1959 г. власти Чехословакии вынудили его подать в отставку и в дальнейшем, в течение двух десятилетий, не позволяли избрать нового правящего архиерея Оломоуцко-Брненской епархии. Преемником епископа Михаловского Александра (Михалича) в 1954–1960 гг. служил бывший греко-католический священник Мефодий (Милли), а его сменили два архиерея, уроженцы Украины: в 1965–1979 гг. епископ Кирилл (Мучичка), а в 1980–1982 гг. епископ Никанор (Юхимюк), впоследствии — в 1983–1988 гг. епископ Оломоуцко-Брненский.[321]
В 1963 г. Владыка Дорофей (Филипп) был возведен в сан архиепископа и 23 октября 1964 г. на IV Поместном Соборе избран Предстоятелем Чехословацкой Православной Церкви, которую возглавлял более 35 лет.[322] 25 октября в пражском соборе святых равноапостольных Кирилла и Мефодия состоялась его интронизация. Главой Прешовской епархии в 1964 г. был избран словацкий русин Николай (Коцвар), ставший в 2006 г. первым Предстоятелем Православной Церкви Чешских земель и Словакии с кафедрой в Словакии.
4 июня 1968 г. митрополиту Дорофею была присуждена ученая степень магистра богословия, а в 1984 г. — доктора богословия Ленинградской Духовной Академии. Владыка Дорофей также являлся доктором богословия honoris causa Прешовского богословского факультета. Он неоднократно участвовал в работе экуменических конференций и конгрессов, принимал участие в диалоге с дохалкидонскими Церквами, был удостоен наград ряда Поместных Православных Церквей, в том числе в 1966 г. награжден орденом св. кн. Владимира 1-й степени Русской Церкви. [323]
Период правления митрополита Дорофея характеризуется серьезными, в том числе драматичными потрясениями. Демократические преобразования весной 1968 г. привела к значительному оттоку бывших греко-католиков, которые вышли из Православия. Ввод советских войск в августе того же года вызвал у части населения негативное отношение ко всему, что было связано с СССР и Россией, в том числе и к Православной Церкви. Летом 1968 г. часть клириков и мирян восстановили в Словакии Греко-католическую Церковь, что получило поддержку тогдашнего руководства социалистической Чехословакии, отменившего указ о запрете унию. Это вызвало серьезные проблемы, от которых пострадали обе стороны, так как разделение нередко проходило внутри семей. Конфликты возникали и по поводу раздела церковного имущества.[324]
Греко-католики вернули себе значительную часть принадлежавших им ранее церковных зданий, нередко насилием. Оставшиеся без церквей православные верующие были вынуждены совершать богослужения в стесненных условиях, в храмах совершалось по несколько служб, иногда приходилось служить и на антиминсе под открытом небом. Лишь через некоторое время проблему с церквами удалось частично решить. С благословения митрополита Дорофея было послано письмо президенту Чехословакии Людвику Свободе, в котором говорилось: «Если уж нельзя не отбирать церкви у православных, помогите хотя бы материально, чтобы мы смогли построить новые храмы».[325] Деньги были выделены, и в Словакии построили значительное количество православных церквей. Согласно переписи 1991 г. число православных в Чехословакии, сократившись примерно в шесть раз по сравнению с 1967 г., составляло всего 53 тысячи — около 0, 34 % из 15, 6 миллионного населения.[326] Однако Православной Церкви в целом удалось сохранить существовавшую структуру приходов, учебных заведений и периодической печати.
С 1989 г., после распада социалистического государства в Чехословакии, начался новый период в развитии страны. Церкви смогла создавать все необходимые, ранее запрещенные институты: приходские школы, благотворительные организации, объединения православной молодежи и др. В частности, по благословению Священного Синода были основаны в 1992 г. хоспис в Брно для людей, лишенных социальной защиты, который предоставляет кров, пищу и морально-психологическую помощь; хоспис «Филантропия-ДОМ» в Прешове и приют в Гуменне. Православная Церковь также предоставляет помощь жертвам различных злоупотреблений и беженцам.
1 января 1993 г. Чехословакия как государство прекратила свое существование, разделившись на Чешскую республику и Словакию. При этом церковного разделения не произошло, усилиями священноначалия Православная Церковь осталась единой.
11–12 декабря 1992 г. в Прешове состоялся VIII Поместный Собор, принявший резолюцию: несмотря на предстоящее разделение Чехословакии на два независимых государства административное, каноническое и евхаристическое единство Церкви должно быть сохранено. Собор принял новый устав Церкви, который предусматривал существование двух отдельных митрополичьих советов в новообразованных государствах. Кроме того, было принято новое название: «Православная Церковь Чешских земель и Словакии». Одним из решений Собора стала проведенная в 1994 г. канонизация моравского князя Ростислава (+ 870), принявшего святых Кирилла и Мефодия. В соответствие с новым уставом титул Владыки Дорофея был изменен на «архиепископ Пражский, митрополит Чешских земель и Словакии». В Церкви были организованы два административных центра: в Праге и Прешове. Теперь архиепископы Пражский и Прешовский могли быть избранными Предстоятелями Церкви.[327]
Для 1990-х гг. была также характерна передача почти всего имущества Православной Церкви в Словакии — храмов, зданий, учебных помещений — греко-католикам. Архиепископ Прешовский Николай (Коцвар) приложил значительные усилия для нормализации положения. Было построено более 80 храмов, епархиальные здания Прешова, возобновили свою работу в новых помещениях Прешовский митрополичий совет, православные богословский факультет и семинария. То же происходило и в Михаловской епархии, где занимавшему эту кафедру с 1983 г. словаку епископу Иоанну (Холоничу) из-за нерешенных проблем, касавшихся церковной собственности, пришлось уступить греко-католикам даже свой собор. Однако и там были построены 24 новых храма, в том числе Михаловский собор, освященный Патриархом Московским и всея Руси Алексием II.[328]
Митрополиту Дорофею также удалось решить давний вопрос признания автокефалии Церкви в Константинополе. После обращения Владыки Константинопольский Патриарх Варфоломей 27 августа 1998 г. издал «патриархальный и синодальный Томос» о благословении автокефалии Святой Православной Церкви в Богемии (Чехии) и Словацкой республики. Этот акт не привел к изменению отношений с Русской Православной Церковью, которую митрополит Дорофей называл «наша мать». Следует отметить, что, согласно Томосу 1998 г., епархиальные иерархи должны были носить титул митрополита, а Предстоятель Церкви — титул архиепископа.[329]
15–17 октября 1999 г. в Свято-Успенском монастыре в Вилемове состоялся IX Поместный Собор Православной Церкви Чешских земель и Словакии, на котором был подведен итог ее развития за последние 10 лет, исправлен устав Церкви и введены новые правила, касающиеся ее жизни и деятельности.
Осенью 1999 г. митрополит Дорофей посетил Москву, где 28 ноября 1999 г. вместе со Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием торжественно открыл подворье Православной Церкви Чешских земель и Словакии при храме во имя свт. Николая Чудотворца в Котельниках. В алтаре церкви был помещен ковчег с частицей мощей святой мученицы Людмилы Чешской, подаренный Владыкой Дорофеем. С октября 2001 г. в храме пребывает и ковчег с частицей мощей святого страстотерпца князя Вацлава (Вячеслава) Чешского.
В 1999–2000 гг. первым представителем Православной Церкви Чешских земель и Словакии при Патриархе Московском и всея Руси служил протоиерей Александр Цап, в 2000–2006 гг. этот пост занимал протопресвитер Михаил Дандар. Он родился в Словакии, в 1969 г. окончил Ленинградскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия. Позднее, 11 октября 2007 г. о. Михаил был назначен настоятелем русского прихода Рождества Иоанна Предтечи в г. Швайнфурте (Германия), в составе клира Берлинской епархии Московского Патриархата. 14 марта 2015 г. архимандрит Михаил (Дандар) был хиротонисан в сан епископа и возведен в достоинство архиепископа Пражского и Чешских земель.
Митрополит Дорофей скончался 30 декабря 1999 г. в Праге и был похоронен 4 января 2000 г. на Ольшанском кладбище у храма Успения Пресвятой Богородицы.[330] Несмотря на новогодний праздник и плохую погоду, на погребении Владыки присутствовало множество людей, так как он заслужил всеобщее уважение.
После кончины митрополита Дорофея на X Поместном Соборе Православной Церкви Чешских земель и Словакии Предстоятелем Церкви 14 апреля 2000 г. был избран Николай (Коцвар) с титулом архиепископ Прешовский, митрополит Чешских земель и Словакии. Он родился в 1927 г. в словацком селе, учился в русской гимназии, православной семинарии в Праге и в Московской Духовной Академии, которую окончил со степенью кандидата богословия. В 1965 г. о. Николай принял монашеский постриг и в том же году был хиротонисан во епископа, а в 1987 г. в сан архиепископа.
С 1990-х гг. количество православных верующих в Чехии и Словакии стало возрастать за счет эмигрантов из России и Украины. Продолжали строиться новые храмы, вместо занятых греко-католиками, создавались новые монастыри. В 1990-е — 2000-е гг. было построено восемь монастырей в Чешской республике: четыре женских (Дубска Гора вблизи Карловых Вар, Пстружи, Вилемов и Брно-Гусовице), три мужских (Мост, Хабаржовице, Груба Врбка) и один монастырь в Словакии (Комарно).